Hi all, <br>       <br>           I am trying implement polarizable model for halides suggested by Roux group. <br>I am not able to equilibrate such system. <br><br>System: Sodium Iodide in water<br>I am using following topology file for iodide.<br>

<br>Anybody has any clue what might be happening?<br><br>Question 2: I am having trouble finding implementation details for thole_polarization.<br>How would that appear in topology file?<br><br>
<br><br>; <br>; Topology file for iodide polarizable<br><br>[ moleculetype ]<br>; molname    nrexcl<br>I        1    <br><br>[ atoms ]<br>; id    at type    res nr     residu name    at name        cg nr    charge<br>1       II             1              SI        CI1        1       3.733085<br>


2       IS            1              SI        SI        1        -4.733085<br><br><br>[ polarization ]<br>; See notes above.    alpha (nm^3)<br>1    2    1     0.007439<br><br><br><br>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>

1    2        <br>2    1        <br><br>#ifdef POSRES<br>; Restrain the oxygen...<br>[ position_restraints ]<br>
; iatom type    fx    fy    fz<br>1    1    100    100    100<br>#endif<br><br clear="all"><br>            <br>Your help will be greatly appreciated<br><br>Thanks<br><div><div>~ Abhijeet <br></div></div><br>