<br /><br /><span>On 03/01/11, <b class="name">sarah k </b> &lt;dailycolors@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTinSgOjqWVPZp16TB4GJE8NtJCFuCwHZJeosmytm@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Dear Justin,<br />Thanks for your reply. Now, I have problem in generationg the<br />coordination file. Since my molecule is diatomic, the PRODRG server<br />fails and when I used another parametrization tool, the output files<br />were void. Can I generate the file in gromacs? Is there any way to do<br />it?<br /></div></blockquote><br />I'm not sure what you're asking. Justin suggested a good approach for generating a &quot;solvent box&quot; of nitrogen.<br /><br />Implementing an MD model of dinitrogen in a .top/.itp file is about 5 minutes' work with a text editor if you already have suitable parameters and an existing .top to act as a template. (One [atomtype], one [bondtype], one [moleculetype], two [atoms], one [bonds]. Then a [molecules] section. Finished.) If you don't have parameters already, search the literature in the first instance.<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTinSgOjqWVPZp16TB4GJE8NtJCFuCwHZJeosmytm@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Regards,<br />Sarah Keshavarz<br /><br /><br /><br /><br />&gt; sarah k wrote:<br />&gt;&gt; dear users,<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; I want to use Nitrogen as my solvent. How can I prepare the box and<br />&gt;&gt; compile the *.gro file? Please, guide me in detail. Thanks in advance!<br />&gt;&gt;<br />&gt;<br />&gt; Make a coordinate file for a single N2 molecule (should be really easy) and<br />&gt; use<br />&gt; either genconf -nbox or genbox -ci -nmol to create the solvent box, then<br />&gt; equilibrate.<br />&gt;<br />&gt; -Justin<br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>