<div>Sorry. I will make my statements clear here after.</div>
<div>here is the terminal output  after executing grompp -v</div>
<div><br>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:</div>
<div>                   Great Red Oystrich Makes All Chemists Sane</div>
<div>                            :-)  VERSION 4.0.7  (-:</div>
<div><br>      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>
            check out <a href="http://www.gromacs.org/">http://www.gromacs.org</a> for more information.</div>
<div>         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
             of the License, or (at your option) any later version.</div>
<div>                                :-)  grompp  (-:</div>
<div>Option     Filename  Type         Description<br>------------------------------------------------------------<br>  -f     grompp.mdp  Input, Opt.  grompp input file with MD parameters<br> -po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters<br>
  -c       conf.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br> -rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file<br>  -p      topol.top  Input        Topology file<br> -pp  processed.top  Output, Opt. Topology file<br>  -o      topol.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa<br>  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt<br>
  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene</div>
<div>Option       Type   Value   Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>-nice        int    0       Set the nicelevel<br>-[no]v       bool   yes     Be loud and noisy<br>
-time        real   -1      Take frame at or first after this time.<br>-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual<br>                            sites<br>-maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input processing<br>
-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without<br>                            defaults to zero instead of generating an error<br>-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of<br>
                            atomtypes</div>
<div>Ignoring obsolete mdp entry &#39;title&#39;<br>Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;<br>Ignoring obsolete mdp entry &#39;domain-decomposition&#39;<br>Replacing old mdp entry &#39;unconstrained-start&#39; by &#39;continuation&#39;<br>
Ignoring obsolete mdp entry &#39;dihre-tau&#39;<br>Ignoring obsolete mdp entry &#39;nstdihreout&#39;<br>Ignoring obsolete mdp entry &#39;nstcheckpoint&#39;</div>
<div>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#</div>
<div>WARNING 1 [file grompp.mdp, line unknown]:<br>  Unknown or double left-hand &#39;bd-temp&#39; in parameter file</div>
<div><br>checking input for internal consistency...</div>
<div>NOTE 1 [file grompp.mdp, line unknown]:<br>  The Berendsen thermostat does not generate the correct kinetic energy<br>  distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.</div>
<div>processing topology...<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffgmx.itp<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffgmxnb.itp<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffgmxbon.itp<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ff_dum.itp<br>
Opening library file /usr/share/gromacs/top/spc.itp<br>Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter combinations<br>Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;<br>processing coordinates...<br>double-checking input for internal consistency...<br>
Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K<br>renumbering atomtypes...<br>converting bonded parameters...<br>initialising group options...<br>processing index file...<br>Analysing residue names:<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
There are:   216      OTHER residues<br>There are:     0    PROTEIN residues<br>There are:     0        DNA residues<br>Analysing Other...<br>Making dummy/rest group for Acceleration containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for Freeze containing 648 elements<br>
Making dummy/rest group for Energy Mon. containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for VCM containing 648 elements<br>Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 1293.00<br>Making dummy/rest group for User1 containing 648 elements<br>
Making dummy/rest group for User2 containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for XTC containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 648 elements<br>Making dummy/rest group for QMMM containing 648 elements<br>
T-Coupling       has 1 element(s): System<br>Energy Mon.      has 1 element(s): rest<br>Acceleration     has 1 element(s): rest<br>Freeze           has 1 element(s): rest<br>User1            has 1 element(s): rest<br>User2            has 1 element(s): rest<br>
VCM              has 1 element(s): rest<br>XTC              has 1 element(s): rest<br>Or. Res. Fit     has 1 element(s): rest<br>QMMM             has 1 element(s): rest<br>Checking consistency between energy and charge groups...</div>

<div>NOTE 2 [file grompp.mdp, line unknown]:<br>  You are using a plain Coulomb cut-off, which might produce artifacts.<br>  You might want to consider using PME electrostatics.</div>
<div><br>This run will generate roughly 1 Mb of data<br>writing run input file...</div>
<div>There were 2 notes</div>
<div>There was 1 warning</div>
<div>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.0.7<br>Source code file: ../../../../src/gmxlib/gmx_fatal.c, line: 481</div>
<div>Fatal error:<br>Too many warnings (1), grompp terminated.<br>If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.<br>-------------------------------------------------------</div>
<div>&quot;And You Will Know That My Name is the Lord When I Lay My Vengeance Upon Thee.&quot; (Pulp Fiction)</div>
<div> </div>
<div><br><strong>after executing gmxdump the error is </strong></div>
<p><strong></strong> </p>
<div>gmxdump -s topol.tpr | more <br>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:</div>
<div>               Go Rough, Oppose Many Angry Chinese Serial killers</div>
<div>                            :-)  VERSION 4.0.7  (-:</div>
<div><br>      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>
            check out <a href="http://www.gromacs.org/">http://www.gromacs.org</a> for more information.</div>
<div>         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
             of the License, or (at your option) any later version.</div>
<div>                               :-)  gmxdump  (-:</div>
<div>Option     Filename  Type         Description<br>------------------------------------------------------------<br>  -s      topol.tpr  Input, Opt!  Run input file: tpr tpb tpa<br>  -f       traj.xtc  Input, Opt.  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt<br>
  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene<br> -cp      state.cpt  Input, Opt.  Checkpoint file<br>  -p      topol.top  Input, Opt.  Topology file<br>-mtx    hessian.mtx  Input, Opt.  Hessian matrix<br> -om     grompp.mdp  Output, Opt. grompp input file with MD parameters</div>

<div>Option       Type   Value   Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>-nice        int    0       Set the nicelevel<br>-[no]nr      bool   yes     Show index numbers in output (leaving them out<br>
                            makes comparison easier, but creates a useless<br>                            topology)<br>-[no]sys     bool   no      List the atoms and bonded interactions for the<br>                            whole system instead of for each molecule type</div>

<div><br>-------------------------------------------------------<br>Program gmxdump, VERSION 4.0.7<br>Source code file: ../../../../src/gmxlib/gmxfio.c, line: 737</div>
<div>Can not open file:<br>topol.tpr<br>-------------------------------------------------------</div>
<div>&quot;I Need Love, Not Games&quot; (Iggy Pop &amp; Kate Pierson)<br></div>
<div><br></div>