Dear gromacs users,<br><br>I want to calculate water molecules residence time on a certain groups of a ligand. I found in gromacs exercises how to do it: <a href="https://extras.csc.fi/chem/courses/gmx2004/exercises/index.html">https://extras.csc.fi/chem/courses/gmx2004/exercises/index.html</a><br>
To get water residence time I need:<br>1) Obtain hbac.xvg, using this command:  g_hbond <span style="font-weight: bold;">-contact -n index -ac -r 0.6
-b 200</span><br>2) Integrate with g_analyze S0 and S1 (I am not quite sure S1 or S0).<br><br>I used the command:  g_hbond -contact -b 100 -nomerge -r 0.35 -f traj-prod315k.xtc  -s prod.tpr -n index.ndx<br><br>But I can not get the correct number of contacts with this command, because the output is : Back Off! I just backed up hbnum.xvg to ./#hbnum.xvg.4#<br>
Average number of contacts per timeframe 0.000 out of 612 possible<br><br>-Is that mean that there is a zero contacts within a certain distance?<br><br><br>I do not know is it does make sense to integrate So and S1 after using the command:  g_hbond -contact -b 100 -nomerge -r 0.35 -f traj-prod315k.xtc  -s prod.tpr -n index.ndx, because the program produce hbac.xvg file, but writes that no contacts were found.<br>
<br>Please could you advice me on this?<br><br>best,<br>Olga<br>