<br /><br /><span>On 03/03/11, <b class="name">Jianguo Li </b> &lt;ljggmx@yahoo.com.sg&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:625879.19602.qm@web77009.mail.sg1.yahoo.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span><p><style type="text/css">&lt;!-- DIV {margin:0px;} --&gt;</style><table><tbody><tr><td><p></p><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div>Dear all,<br /><br />I'd like to do folding simulations of a short peptide on membrane surface using REMD using atomistic FF. But the problem is that membrane will disrupt at high temperatures. To maintain the membrane structure, I am thinking the following two methods:<br /><br />(1) To use different coupling temperature for different groups (e.g., keeping membrane at 323K for all the replicas, but keeping peptide and water with different temperatures). Will this lead to artifact? </div></div></td></tr></tbody></table></p></span></div></blockquote><br />Yes. You will have heat flowing via the system between two external heat baths.<br /><blockquote cite="mid:625879.19602.qm@web77009.mail.sg1.yahoo.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span><p><table><tbody><tr><td><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div><br />(2) If this leads to serious artifact, I may need to use constraints on the membrane, as mentioned in the paper from Berkowitz group.</div></div></td></tr></tbody></table></p></span></div></blockquote><br />That seems more wise, but still not great.<br /><br />Mark<br />