The residue is a chromophore of Green Fluorescent Protein. The parameter file that I have got has the connection for serine and glycine :-<div><br></div><div><div>!Connection to the ser fragment</div><div>!------------------------------</div>
<div>CT2  CT1  CP2c    52.000   108.0000 ! ALLOW   ALI PEP POL ARO</div><div>HB   CT1  CP2c  50.000   109.5000 ! ALLOW  PEP</div><div>NH1  CT1  CP2c  50.000   107.0000 ! ALLOW   PEP POL ARO ALI</div><div>NR2C CP2C CT1   40.00    125.00   ! </div>
<div>NR1C CP2C CT1   35.00    121.40   ! </div><div>!</div><div>!Connection to the gly fragment</div><div>!------------------------------</div><div>NR1C CT2  C     50.000   107.0000 </div><div>NR1c CT2  HB     48.000   108.0000</div>
<div>CP2C NR1C CT2   36.00    129.00</div><div>CP1C NR1C CT2   32.00    123.40</div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 3, 2011 at 1:23 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br><br><span>On 03/03/11, <b>bharat gupta </b> &lt;<a href="mailto:bharat.85.monu@gmail.com" target="_blank">bharat.85.monu@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote style="border-left:1px solid rgb(0, 0, 255);padding-left:13px;margin-left:0pt" type="cite">
<div>Hi,<div><br></div><div>I followed the tutorial - <span style="border-collapse:collapse;font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field" style="color:rgb(0, 0, 204)" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field</a> for updating the Charmm FF for my modified residue ..</span></div>

<div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse">I added the residues to the .rtp file , then I added the new atom types in .atp file , </span></font></div>

<div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse">The compound has some linkage with serine and glycine ... I want to know how and where shall I add the linkage parameters and the parameters (in bits) given below</span></font></div>
</div></blockquote><br></div>Without some idea what you mean by &quot;linkage with serine and glycine&quot; it&#39;s too hard to offer help.<br><font color="#888888"><br>Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br><br>
<blockquote style="border-left:1px solid rgb(0, 0, 255);padding-left:13px;margin-left:0pt" type="cite"><div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"></span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><br>
</span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse">(The parameter file of the compound looks like this ) ..</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><div style="border-collapse:collapse">
BONDS</div><div style="border-collapse:collapse">!</div><div style="border-collapse:collapse">!V(bond) = Kb(b - b0)**2</div><div style="border-collapse:collapse">!</div><div style="border-collapse:collapse">!Kb: kcal/mole/A**2</div>

<div style="border-collapse:collapse">!b0: A</div><div style="border-collapse:collapse">!</div><div style="border-collapse:collapse">!atom type Kb          b0</div><div style="border-collapse:collapse">CA1  CA2   305.00      1.3750 !</div>

<div style="border-collapse:collapse">CA2  CA3   305.00      1.3750 !</div><div style="border-collapse:collapse">CA3  CA4   305.00      1.3750 !</div><div style="border-collapse:collapse">HPc  CA1   340.000     1.08   !</div>

<div style="border-collapse:collapse">HPc  CA2   340.000     1.08   !</div><div style="border-collapse:collapse">HPc  CA3   340.000     1.08   !</div><div style="border-collapse:collapse">HPc  CA4   340.000     1.08   !</div>

<div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse"><div>ANGLES</div><div>!</div><div>!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2</div><div>
!</div><div>!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2</div><div>!</div><div>!Ktheta: kcal/mole/rad**2</div><div>!Theta0: degrees</div><div>!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)</div><div>!S0: A</div><div>!</div><div>!atom types     Ktheta    Theta0   Kub     S0</div>

<div>!</div><div>NR2c CP2c NR1c  130.00    114.00   ! </div><div>CP2c NR2c CP1c  130.00    106.00   ! </div><div>CP2c NR1c CP1c  130.00    107.90   ! </div><div>NR2c CP1c CP1c  130.00    108.30   ! </div><div>NR2c CP1c CE1c   45.80    129.50   ! </div>

<div>NR1c CP1c OcH    42.00    126.00   !</div><div>NR1c CP1c CP1c  130.00    103.00   ! </div></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse">

<div>!Connection to the ser fragment</div><div>!------------------------------</div><div>CT2  CT1  CP2c    52.000   108.0000 ! ALLOW   ALI PEP POL ARO</div><div>HB   CT1  CP2c  50.000   109.5000 ! ALLOW  PEP</div><div>NH1  CT1  CP2c  50.000   107.0000 ! ALLOW   PEP POL ARO ALI</div>

<div>NR2C CP2C CT1   40.00    125.00   ! </div></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse">

<div>!Connection to the gly fragment</div><div>!------------------------------</div><div>NR1C CT2  C     50.000   107.0000 </div><div>NR1c CT2  HB     48.000   108.0000</div><div>CP2C NR1C CT2   36.00    129.00</div><div>

CP1C NR1C CT2   32.00    123.40</div><div>!</div><div>DIHEDRALS</div><div>!</div><div>!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))</div><div>!</div><div>!Kchi: kcal/mole</div><div>!n: multiplicity</div><div>!delta: degrees</div>

<div>!</div><div>!atom types             Kchi    n   delta</div><div>!</div><div>CP2C NR2C CP1C CP1C    14.0000  2   180.00 ! </div><div>CP2C NR1C CP1C CP1C    14.0000  2   180.00 !</div><div>NR2C CP2C NR1C CP1C    14.0000  2   180.00 !</div>

<div>NR2C CP1C CP1C NR1C     4.0000  2   180.00 ! </div><div>NR1C CP2C NR2C CP1C     4.0000  2   180.00 ! </div><div>CA1  CA2  CA3  CA4      3.1000  2   180.00 ! </div></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div>

<div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse"><div>!barrier CA-CB</div><div>CP1C CP1C CE1C HA1C     6.84   2   180.00 ! </div><div>CP1C CP1C CE1C CA1      6.84   2   180.00 !</div>

<div>NR2C CP1C CE1C HA1C     6.84   2   180.00 !</div><div>NR2C CP1C CE1C CA1      6.84   2   180.00 ! </div><div>!</div><div>!barrier CB-CG2</div><div>CP1C CE1C CA1  CA2      1.4  2   180.00 !  </div><div>HA1C CE1C CA1  CA2      1.4  2   180.00 ! </div>

<div>!</div><div>CP2C NR1C CP1C OCH      14.00    2   180.00 !</div><div>NR2C CP2C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div><div>NR2C CP1C CP1C OCH      14.00    2   180.00 !</div><div>CP1C NR1C CP2C CT1      14.00    2   180.00 !</div>

<div>OCH  CP1C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div><div>CP1C NR2C CP2C CT1      14.00    2   180.00 !</div><div>CP1C CP1C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div><div>CT1  CP2C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div>

<div>!</div><div>! Linking the chromophore and the glycine fragment</div><div>O    C    CT2  NR1C      0.0000  1     0.00 !   </div><div>NH1  C    CT2  NR1c       0.6000  1     0.00 !  </div><div>CP2C NR1C CT2 HB         0.032  3     0.00 ! </div>

<div>CP2c NR1c CT2 C          0.032  3     0.00 !</div><div>CP1c NR1c CT2 HB         0.032  3   180.00 !</div><div>CP1c NR1c CT2 C          0.032  3   180.00 !</div><div>!</div><div>! Linking the chromophore and the serine fragment</div>

<div>C    NH1  CT1  CP2C      0.2000  1   180.00 !</div><div>H    NH1  CT1  CP2C      0.0000  1     0.00 !</div><div>NR2C CP2C CT1 HB         0.105   3   180.00 ! </div><div>NR2C CP2C CT1 NH1        0.105   3   180.00 ! </div>

<div>NR2C CP2C CT1 CT2        0.105   3   180.00 ! </div><div>NR1C CP2C CT1 HB         0.105   3     0.00 ! </div></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div>
<div style="border-collapse:collapse"><div>IMPROPER</div><div>!</div><div>!V(improper) = Kpsi(psi - psi0)**2</div><div>!</div><div>!Kpsi: kcal/mole/rad**2</div><div>!psi0: degrees</div><div>!note that the second column of numbers (0) is ignored</div>

<div>!</div><div>!atom types           Kpsi                   psi0</div><div>!</div><div>CP2C NR2C NR1C CT1      0.5       0           0.00</div><div>CP2C NR1C NR2C CT1      0.5       0           0.00</div><div>!</div><div>

CP1C NR1C CP1C OCH       0.5       0           0.00</div><div>CP1C CP1C NR1C OCH       0.5       0           0.00</div><div>!</div><div>NR1C CP1C CP2C CT2      0.45       0           0.00 </div><div>NR1C CP2C CP1C CT2      0.45       0           0.00  </div>

<div>!</div><div>CP1C NR2C CP1C CE1C   220.0       0           0.00</div><div>CP1C CP1C NR2C CE1C   220.0       0           0.00</div></div><div style="border-collapse:collapse"><br></div><div style="border-collapse:collapse">

<br></div><div><div><span style="border-collapse:collapse">!</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6]</span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse">!</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!epsilon: kcal/mole, Eps,i,j = sqrt(eps,i * eps,j)</span></div><div>
<span style="border-collapse:collapse">!Rmin/2: A, Rmin,i,j = Rmin/2,i + Rmin/2,j</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!atom  ignored    epsilon      Rmin/2   ignored   eps,1-4       Rmin/2,1-4</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">!</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!CAc    5.000000  -0.070000     1.992400 ! ALLOW   ARO</span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse">!                ! benzene (JES)</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">CA1    5.000000  -0.070000     1.992400 ! ALLOW   ARO</span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse">CA2    5.000000  -0.070000     1.992400 ! ALLOW   ARO</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">CA3    5.000000  -0.070000     1.992400 ! ALLOW   ARO</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">CA4    5.000000  -0.070000     1.992400 ! ALLOW   ARO</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">CE1c   0.000000  -0.068000     2.090000 ! </span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse"><span style="white-space:pre-wrap">                </span>! for propene, yin/adm jr., 12/95</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">CP1c   0.000000  -0.050000     1.800000 ! ALLOW ARO</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">                ! adm jr., 10/23/91, imidazole solvation and sublimation</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">CP2c   0.000000  -0.050000     1.800000 ! ALLOW ARO</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">                ! adm jr., 10/23/91, imidazole solvation and sublimation</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">CT3c   0.000000  -0.080000     2.060000   0.000000  -0.010000     1.900000 ! ALLOW   ALI</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">                ! methane/ethane a.i. and ethane pure solvent, adm jr, 2/3/92</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!</span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse">Hch   -2.000000  -0.046000     0.224500 ! ALLOW PEP POL SUL ARO ALC</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">                ! same as TIP3P hydrogen, adm jr., 7/20/89</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">HAc    0.000000  -0.022000     1.320000 ! ALLOW PEP ALI POL SUL ARO PRO ALC</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">                ! methane/ethane a.i. and ethane pure solvent, adm jr, 2/3/92</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">HA1c   0.000000  -0.031000     1.250000 !</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">                ! for propene, yin/adm jr., 12/95</span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse">HPc    0.000000  -0.030000     1.358200   0.000000  -0.030000     1.358200 ! ALLOW ARO</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">                ! JES 8/25/89 values from Jorgensen fit to hydration energy</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">!</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">NR1c   0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW ARO</span></div><div>
<span style="border-collapse:collapse">                ! His, adm jr., 9/4/89</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">NR2c   0.000000  -0.200000     1.850000 ! ALLOW ARO</span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse">                ! His, adm jr., 9/4/89</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">!Och    0.000000  -0.120000     1.700000   0.000000  -0.120000     1.400000 ! ALLOW   PEP POL</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">!                ! This 1,4 vdW allows the C5 dipeptide minimum to exist.(LK)</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">Och    0.000000  -0.120000     1.700000! ALLOW   PEP POL, suppression du terme 1,4 (N.R. 10/2000)</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse">OHc    0.000000  -0.152100     1.770000 ! ALLOW   ALC ARO</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">                ! adm jr. 8/14/90, MeOH nonbond and solvent (same as TIP3P)</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse"><br></span></div><div><span style="border-collapse:collapse">HBOND CUTHB 0.5  ! If you want to do hbond analysis (only), then use</span></div>
<div><span style="border-collapse:collapse">                 ! READ PARAM APPEND CARD</span></div><div><span style="border-collapse:collapse">                 ! to append hbond parameters from the file: par_hbond.inp</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse"><br></span></div><div><span style="border-collapse:collapse">END</span></div></div><div style="border-collapse:collapse">
<br></div></font><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>

South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>
</div>
</div></blockquote>
</div></div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>
Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>
Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>
</div>