Hello Justin,<br><br>Thanks. <br><br>1- I changed the setting below because of the note I used to get:<br><br>NOTE 1 [file aminoacids.dat, line 1]:<br>  The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5<br>  and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,<br>
  for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing<br><br>Also, earlier on I read one of your messages about the trade off between accuracy and speed for this setting and that no systematic study has been done how exactly accuracy is changing. I actually need to work with systems with 40 000 atoms or even more and electrostatics slows down my runs to a great extent. Can you please give an idea on to what extent the accuracy affects the result say for fourierspacing      =  0.2 . I mean it affects second decimal or...? I need to go for a setting which speeds up calculations as much as possible while being reasonable. How would you deal with this? What value would you pick? <br>
<br>Thank you,<br>moeed<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
fourierspacing      =  0.3                 <br>
</blockquote>
<br>
You&#39;re setting yourself up for inaccurate PME calculations with this.  Use 0.1 - 0.12 unless you&#39;ve got some compelling reason to decrease your accuracy.<br>
<br>
-Justin<br>
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Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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</font></blockquote><br></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Moeed Shahamat<br>Graduate Student (Materials Modeling Research Group)<br>McGill University- Department of Chemical Engineering<br>Montreal, Quebec H3A 2B2, Canada<br>
Web:<a href="http://mmrg.chemeng.mcgill.ca/pages/current-group-members/moeed-shahamat.php">http://mmrg.chemeng.mcgill.ca/pages/current-group-members/moeed-shahamat.php</a><br>Web:<a href="http://mmrg.chemeng.mcgill.ca/">http://mmrg.chemeng.mcgill.ca/</a><br>