<br /><br /><span>On 04/03/11, <b class="name">jonathan </b> &lt;jkhao@ifr88.cnrs-mrs.fr&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:1299228635.13699.31.camel@rubrum" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Indeed, to be more specific, I would like to run a g_covar analysis on<br />lipid acyl chains that are within a certain distance to a protein.<br />Since the trajectories are quite long (+10K frames), splitting each<br />frame to separate files, and then isolating the selection would require<br />a lot of time.<br />I can actually do this with python from VMD but I was wondering if<br />gromacs tools could do this faster ...</div></blockquote><br />Aren't you going to have to end up with the same number of elements from each frame for the analysis? If so, you need to use a selection criterion that achieves that.<br /><br />Mark