Thanks Justin,<br>I think I have the restraints section sorted...........<br><br>However, once all of the dihedrals are obtained from the MDs, I would like to do a WHAM analysis, of the reaction pathway. <br>As I have to run each conformation as a separate MD in order to obtain all dihedral conformations, how can I do this. <br>
g-wham in gmx requires .pdo files from the US output, but since I cannot use US (in the classical sense) for a dihedral, how can i generate a final plot of free energy vrs dihedral???<br>Thanks again, for all the help,<br>
Joanne<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Fri,. Mar 4, 2011 at 1:33 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><br>
<br>
Joanne Martin wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi Justin, thanks so much for the swift reply.<br>
With regards to the mdp setting<br>
<br>
<br>
 &gt; The proper setting for the &quot;dihre&quot; keyword is either &quot;yes&quot; or &quot;no.&quot;<br>
<br>
How to I specify which dihedral I want to restrain and the force constant which I want to apply to it??<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
That&#39;s controlled in the topology.  See the manual, section 4.3.3 and table 5.6.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Regards,<br>
Joanne<div><div></div><div><br>
<br>
On Fri, Mar 4, 2011 at 1:09 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
<br>
<br>
    Joanne Martin wrote:<br>
<br>
        Hi, I&#39;m a trying to calculate the PMF of a dihedral using<br>
        Gromacs version 4.04.<br>
        I have read through all posts on the mailing list regarding this<br>
        query, and although Chris Neale did explain how to set the<br>
        restraints for Gromacs 3, these options are now obsolete for<br>
        4.04............ I get the following error &gt;<br>
<br>
        Ignoring obsolete mdp entry &#39;domain-decomposition&#39;<br>
        Replacing old mdp entry &#39;unconstrained-start&#39; by &#39;continuation&#39;<br>
        Ignoring obsolete mdp entry &#39;dihre_tau&#39;<br>
        Ignoring obsolete mdp entry &#39;nstdihreout&#39;<br>
        Ignoring obsolete mdp entry &#39;nstcheckpoint&#39;<br>
        ERROR: invalid enum &#39;simple&#39; for variable dihre, using &#39;no&#39;<br>
<br>
<br>
    The proper setting for the &quot;dihre&quot; keyword is either &quot;yes&quot; or &quot;no.&quot;<br>
<br>
<br>
        I have read Chris&#39;s paper from 2008 on alanine dihedrals but<br>
        again this is done using Gromacs 3, and his tutorial for US in<br>
        based on distance restraints.<br>
<br>
        Basically I have two conformations of a sugar ( a starting<br>
        conformation and an end conformation), and I want to generate a<br>
        series of snapshots ie a reaction coordinate, from a &quot;pulled&quot;<br>
        MD, for use in US.<br>
        The pull code is only applicable to distance restraints, so how<br>
        can I apply a restraint to the dihedral so that it will sample<br>
        all dihedrals from the initial -180deg through to the end +180deg?<br>
<br>
<br>
    You need to generate any intermediate structures at angles you wish<br>
    to sample. There is no mechanism to enforce the rotation about a<br>
    dihedral presently implemented in Gromacs.<br>
<br>
<br>
        I would really appreciate if someone could explain to me, where<br>
        I should set the restraints, as this is not clear from the manual.<br>
        Also once the initial configurations are generated, is the below<br>
        mdp option accurate for US of a dihedral &gt;<br>
        (query regarding distance option should this be direction??)<br>
<br>
<br>
    The pull code is irrelevant here.  Please do not attempt to apply my<br>
    tutorial to your problem (beyond basic theory), as you will probably<br>
    only frustrate yourself by doing so.<br>
<br>
    When using a dihedral restraint, an energy term corresponding to the<br>
    restraint should be written to the .edr file.  I imagine you can<br>
    plot these values as a function of the dihedral angle to extract the<br>
    information you want.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
<br>
<br>
        ; Pull code<br>
        pull            = umbrella<br>
        pull_geometry   = *_distance_*  ; can&#39;t get PMF with direction<br>
<br>
<br>
        pull_dim        = N N Y<br>
        pull_start      = yes pull_ngroups      = 1<br>
        pull_group0     = ? pull_group1 = ?<br>
        pull_init1      = 0<br>
        pull_rate1      = 0.0<br>
        pull_k1         = 1000          ; kJ mol^-1 nm^-2<br>
        pull_nstxout    = 1000          ; every 2 ps<br>
        pull_nstfout    = 1000          ; every 2 ps<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        Can someone please get back to me with any suggestions you may have,<br>
<br>
<br>
        Kindest regards,<br>
        Joanne<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>