Dear gromacs users, <br>1.  When one is using OPLSAA force field for 
simulation a protein of say 100aa to 250aa long protein, TIP4P water 
model in gromacs 4.5.3<br>    what are the values of cut offs to be used
 ie., rcoloumb, rvdw, rvdw-switch and rlist? I have gone through the 
manual and papers and <br>
    tried using the following values:<br><br>   vdw_type = switch       | vdw_type = switch       | vdw_type = switch            <br>
   coulomb_type = PME  | coulomb_type = PME  |  coulomb_type = PME       <br>   rlist = 1.2                     | rlist = 1.3                     | rlist = 1.4                          <br>   rcoulomb = 1.2            |  rcoulomb = 1.3            | rcoulomb = 1.4                 <br>


   rvdw = 1.0                   | rvdw = 1.0                   |  rvdw = 1.0                       <br>   rvdw_switch = 0.9        | rvdw_switch = 0.9        | rvdw_switch = 0.9           <br><br>
   but only last set of values did not give rise to any messages during 
grompp regarding charge group radii being larger etc..  Are these 
parameters acceptable?<br>   I have gone through OPLS papers also but was unable to get a precise answer for my question.<br>
<br>2.  What is the type of thermocouple suggested during energy minimization?  Berendson or Nose-hoover?<br><br>3.
 What is the way to confirm that a system has equilibrated after 
starting the production MD? Is it RMSD from the initial structure, or 
average structure?<br>
   I am attaching two rmsd plots of backbone after running for 12ns, 
Does any of them indicates equilibration? 1st with 1.2nm (rlist = 
rcoulomb=1.2nm);<br>   2nd with 1.4nm, 1.2nm except 1.4nm gave the message regarding the sum of charge group radii 
being larger<br>
   than the rlist - rvdw.<br><br>4. If MD is run on a protein which had 
intrinsic domain motion, how will that equilibrate during MD? i.e., how 
will the rmsd plot appear when it is equilibrated?<br>    Will it 
equlibrate at all? will not the domain movement or movement of a large 
loop in the structure prevent it from equilibration?<br>

<br>Kindly Give some suggestions and comments<br><br>Thanking you<br>With Regards<br><font color="#888888"><font color="#888888">M. Kavyashree</font></font>