<br /><br /><span>On 05/03/11, <b class="name">&quot;Justin A. Lemkul&quot; </b> &lt;jalemkul@vt.edu&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4D710A99.2030506@vt.edu" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br /><br />Moeed wrote:<br />&gt;Hello,<br />&gt;<br />&gt;I am attempting to increase the density using NPT. As I increase the pressure to compress the system after some steps simulation crashes. I thought maybe its becasue I am compressing too fast but even when I take a stepwise approach to compress gradually the same error comes up. The density at the point of crash is about 30 SI while I need 650 which is the actual density. Topology file is generated successfully and also I did EM before MD.<br />&gt;<br />&gt;Initial box size is 30 nm. As suggested in the link below I reduced the size to 20 nm (there are 2500 atoms in the system ) but the same error appears.<br />&gt;<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-April/041488.html" target="l">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-April/041488.html</a><br />&gt;<br />&gt;I also tried less -np from 7 to 4 but no success.<br />&gt;<br />&gt;Can you please tell me what this exclamation mark mean which I get at times in parallel trials.(vol 0.99 !)<br />&gt;<br /><br />Domain decomposition relies on dividing your system up into reliably-sized domains in order to communicate force, coordinate, energy, etc. information.  If something happens to skew or annihilate these domains, the algorithm crashes. The exclamation marks indicate (in a general sense) that the DD algorithm has detected something dangerously wrong.<br /><br />If you're trying to make drastic changes to the size or dimensions of your system, DD is a bad choice and you'll likely have to use particle decomposition (mdrun -pd).</div></blockquote><br />Or during compression, do regular and frequent grompp -t .trr -e .edr restarts so that the DD information in the checkpoint file is not propagated, and so you can do a new DD based on the current volume.<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:4D710A99.2030506@vt.edu" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br /><br />&lt;snip&gt;<br /><br />&gt;fourierspacing      =  0.3                 <br /><br />You're setting yourself up for inaccurate PME calculations with this.  Use 0.1 - 0.12 unless you've got some compelling reason to decrease your accuracy.<br /><br />-Justin<br /><br />-- <br />========================================<br /><br />Justin A. Lemkul<br />Ph.D. Candidate<br />ICTAS Doctoral Scholar<br />MILES-IGERT Trainee<br />Department of Biochemistry<br />Virginia Tech<br />Blacksburg, VA<br />jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br /><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="l">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br /><br />========================================<br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>