<div>Dear all, </div>
<div> </div>
<div>I am adding Nitrogen box instead of water molecules to my protein. Based on your guidelines I generated the coordination and topology file of nitrogen. Then I used the following command:</div>
<div>genbox -cp A_newbox -ci -42000mol N2C.gro -o A_solv.gro -p topol.top</div>
<div> </div>
<div>N2C.gro is my new file made manually whithin all information in spc216.gro. I replaced all data in spc216.gro with N2C but I kept the name unchanged: </div>
<div>
<div>genbox -cp A_newbox -ci -42000mol N2Cspc216.gro -o A_solv.gro -p topol.top</div>
<div> </div>
<div>
<div>The box was generated but there were 0 SOL molecules. The error is: Invalid command argument: spc216.gro</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>How can I fix it? Thanks.</div>
<div> </div>
<div>Best regards,</div>
<div>Sarah Keshavarz </div></div></div>