Dear Dr.justin<br>Thank you.You are right.<br>I did what you said.<br><br>please let me know the answer of my other question in first email:<br>I am doing iteration more than 26 times that you said in your tutorial.<br>I am in 28th step now and my area per lipid is 63 and I think it is lowering everytimes I do iteration.<br>
In the other words it seems it dosen&#39;t converge!!<br>What do you think?<br>Thanks in advance<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 7, 2011 at 6:09 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
mohsen ramezanpour wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Dr.Justin<br>
Yes,I know,it deleted some lipids according to inflateGRO script in the first timethat I used perl command.<br>
Besides:<br>
I did iteration 25 times correctly,and no addition or doubling was occured.<br>
I used the same commands of  25th iteration.of course I changed numberes from 25 to 26 in commands.<br>
I think it is because I have compacted my lipids more than it is required.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Over-packing your lipids will not cause your coordinate file to magically be doubled.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
my commands are as below:<br>
after doing EM for output of 25th iteration(its output were EM-inflate-26.*) I entered :<br>
<br>
trjconv     -f  EM-inflate-26.trr       -s  EM-inflate-26.tpr      -o   EM-inflate-26-trj.gro       -pbc   mol     -ur   compact<br>
</blockquote>
<br></div>
Here&#39;s the problem.  You&#39;re converting a .trr (which presumably has 2 frames) and converting it to a multi-frame .gro file.  All you need is to fix the PBC on the final frame, i.e. the .gro file that mdrun writes.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
perl     inflategro        EM-inflate-26-trj.gro      0.95         DPPC      0        system_shrink26.gro      5        area_shrink26.dat<br>
grompp      -f      minim-strong.mdp       -c        system_shrink26.gro        -p    topol.top         -o   EM-inflate-27.tpr<br>
<br>
thanks in advance for your reply<br>
<br>
<br></div><div><div></div><div class="h5">
On Mon, Mar 7, 2011 at 5:42 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    mohsen ramezanpour wrote:<br>
<br>
        Dear all<br>
<br>
        I am doing Membrane -protein tutorial.<br>
        Actually I did each step carefully,I could score down my lipids<br>
        26 times.<br>
        But there were two problems:<br>
        1-I get ~77 A for area per lipid in 26th step not 71 as<br>
        Dr.Justin has said<br>
        2-I tried to do more iteration to make closer my area per lipid<br>
        to 71,But I get the following error:<br>
        Program grompp, VERSION 4.0.7<br>
        Source code file: ../../../../src/kernel/grompp.c, line: 362<br>
<br>
        Fatal error:<br>
        number of coordinates in coordinate file (system_shrink26.gro,<br>
        12876)<br>
                    does not match topology (topol.top, 6438)<br>
<br>
        I checked and I found program has added some additional DPPC<br>
        molecules to my system!!<br>
<br>
<br>
    InflateGRO does not add lipids, it deletes them.  Whatever you&#39;ve<br>
    done has exactly doubled the system.  You&#39;ve managed to concatenate<br>
    coordinate files or otherwise manipulate it in some nonsensical way.<br>
     Without seeing the command you used it&#39;s impossible to say.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
<br>
        Besides I get 32 A area per lipid for this step!!!<br>
<br>
        Please let me know what is the reason.<br>
        Thanks in advance<br>
        Mohsen<br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
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-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
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Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
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