Dear Dr.Justin<br>Yes,I know,it deleted some lipids according to inflateGRO script in the first timethat I used perl command.<br>Besides: <br>I did iteration 25 times correctly,and no addition or doubling was occured.<br>I used the same commands of  25th iteration.of course I changed numberes from 25 to 26 in commands.<br>
I think it is because I have compacted my lipids more than it is required.<br><br>my commands are as below:<br>after doing EM for output of 25th iteration(its output were EM-inflate-26.*) I entered :<br><br>trjconv     -f  EM-inflate-26.trr       -s  EM-inflate-26.tpr      -o   EM-inflate-26-trj.gro       -pbc   mol     -ur   compact<br>
perl     inflategro        EM-inflate-26-trj.gro      0.95         DPPC      0        system_shrink26.gro      5        area_shrink26.dat<br>grompp      -f      minim-strong.mdp       -c        system_shrink26.gro        -p    topol.top         -o   EM-inflate-27.tpr<br>
<br>thanks in advance for your reply<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 7, 2011 at 5:42 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
mohsen ramezanpour wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear all<br>
<br>
I am doing Membrane -protein tutorial.<br>
Actually I did each step carefully,I could score down my lipids 26 times.<br>
But there were two problems:<br>
1-I get ~77 A for area per lipid in 26th step not 71 as Dr.Justin has said<br>
2-I tried to do more iteration to make closer my area per lipid to 71,But I get the following error:<br>
Program grompp, VERSION 4.0.7<br>
Source code file: ../../../../src/kernel/grompp.c, line: 362<br>
<br>
Fatal error:<br>
number of coordinates in coordinate file (system_shrink26.gro, 12876)<br>
             does not match topology (topol.top, 6438)<br>
<br>
I checked and I found program has added some additional DPPC molecules to my system!!<br>
</blockquote>
<br></div>
InflateGRO does not add lipids, it deletes them.  Whatever you&#39;ve done has exactly doubled the system.  You&#39;ve managed to concatenate coordinate files or otherwise manipulate it in some nonsensical way.  Without seeing the command you used it&#39;s impossible to say.<br>

<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Besides I get 32 A area per lipid for this step!!!<br>
<br>
Please let me know what is the reason.<br>
Thanks in advance<br>
Mohsen<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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