Dear GMXusers<br><br>I would like to obtain the normalized CCCC dihedral distribution of the alkyl chain of DPC molecules simulated with the CHARMM ff and GMX4.5.3. So i used the g_angle tool. I have constructed an index file which contain the 9 corresponding angles with make_index_mpi: <br>
<br>a C12 | a C13 | a C14 | a C15 ---&gt; consecutive atoms<br>...<br>a C20 | a C21  | a C22  | aC23<br><br>and used g_angle command <br><br>g_angle_mpi -f *.xtc -ov DPC-Self-CHA_100-155ns-Angle_0_Dihed.xvg -b 100000 -e 110000 -n Tail_dihedral_index.ndx -type dihedral <br>
<br>For example by choosing the C15_C16_C17_C18 dihedral angle located in the middle of the alkyl chain, i obtain an average value 0° (!!) and the following figure <br><br>
<a href="http://www.hostingpics.net/viewer.php?id=825755angdist.png">http://www.hostingpics.net/viewer.php?id=825755angdist.png</a><br><br>This  is not what i expect How to obtain simply the classical normalized function from g_angle ?<br>
<br>Thank you in advance for your advices<br><br>SA<br><br><br><br>