Dear Dr.Justin<br><br>Is there any criteria for choosing vdwradii for carbon atoms?<br>Because I have changed it from 0.15 to 0.375,but there were afew water molecules,it is difficult to delete them manually.<br>then I decided to increase the vdwradii to 0.450<br>
it is better now but i think the gap between water surface and lipids surface is a little big,although there are still  a few water molecules between lipids.<br>But this work can reduce the interactions between water molecules and my system in the next steps.<br>
<br>Am I right?<br>thanks in advance <br>mohsen  <br>