<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 7, 2011 at 11:11 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
ZHAO Lina wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
I got another question about where does the gromacs looks for the top data file.<br>
<br>
Specifically,<br>
<br>
The ~/bin ~/lib and ~/share are under my home directory.<br>
the general setting (in .bash_profile) can deal with executables (PATH) and libraries (LD_LIBRARY_PATH).<br>
How can I set up gromacs looking for top data files in ~/share<br>
<br>
After in topol.top I put<br>
; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;/home/lina/share/gromacs/top/gromos43a1.ff/forcefield.itp&quot;<br>
I still have following problems.<br>
<br>
Program grompp, VERSION 4.5.3<br>
Source code file: futil.c, line: 897<br>
<br>
Fatal error:<br>
Library file residuetypes.dat not found in current dir nor in default directories.<br>
(You can set the directories to search with the GMXLIB path variable)<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
Gromacs searches first in the working directory, then in $GMXLIB, then in any other directories included in the .mdp file &quot;include = -I/whatever/directory.&quot;<br>
<br>
Presumably, if you installed everything in /home/lina/, then you can source GMXRC in ~/bin and the environment will be configured for you.<br>
<br></blockquote><div><br>$ source GMXRC<br>-bash: /home/lina/bin/GMXRC.bash: No such file or directory<br>[lina@pineapple scripts]$ pwd<br>/home/lina/src/build/gromacs-4.5.3/scripts<br><br>I&#39;m confused. I have no problem with what under ~/bin and ~/lib but something wrong with the ~/share. <br>
<br>lina <br></div><br></div><br>