Dear all<br><br>I am doing Membrane -protein tutorial.<br>Actually I did each step carefully,I could score down my lipids 26 times.<br>But there were two problems:<br>1-I get ~77 A for area per lipid in 26th step not 71 as Dr.Justin has said<br>
2-I tried to do more iteration to make closer my area per lipid to 71,But I get the following error:<br>Program grompp, VERSION 4.0.7<br>Source code file: ../../../../src/kernel/grompp.c, line: 362<br><br>Fatal error:<br>
number of coordinates in coordinate file (system_shrink26.gro, 12876)<br>             does not match topology (topol.top, 6438)<br><br>I checked and I found program has added some additional DPPC molecules to my system!!<br>
Besides I get 32 A area per lipid for this step!!!<br><br>Please let me know what is the reason.<br>Thanks in advance <br>Mohsen<br><br>