Hello, I am doing a refolding experiment, but I re-experience the same error. First of all, I use pdb2gmx for an input PDB structure, choose OPLS/AA force field and vacuum settings (no waters).<br><br>Then I amke a box, and start simulations. <br>
<br>What I want to do is to compare the starting unfolded structure of the simulation and its changes during the sim (all represented as a traj.xtc) to a native folded conformation of the structure. Assuming it to be possible, I thought of using g_rms;<br>
<br>g_rms -f native-folded.gro -s topol.tpr <br><br><br>Then I get the same error message:<br><br>WARNING: topology has 497 atoms, whereas trajectory has 491<br><br>-------------------------------------------------------<br>
Program g_rms, VERSION 4.5.1<br>Source code file: mshift.c, line: 102<br><br>Fatal error:<br>Molecule in topology has atom numbers below and above natoms (491).<br><br>Thing is that both the topology and the trajectory are treated equally at the pdb2gmx step. So how can it be?<br>
<br>Sergio<br><br>