<div> </div>
<div>You can try also 3DNA:</div>
<div><a href="http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/">http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/</a></div>
<div> </div>
<div>Regards</div>
<div> </div>
<div>Paulo A. Netz</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div><br><br> </div>
<div class="gmail_quote">On Mon, Mar 7, 2011 at 3:40 AM, majid hasan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pu_majidhasan@yahoo.com">pu_majidhasan@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div>
<div style="FONT-FAMILY: times new roman,new york,times,serif; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 12pt">
<div>Dear All,<br><br>I want to simulate interaction between single strand dna and cnt. I tried to use Biomer (from case group webpage), but it&#39;s not working. When I try to open B.html in my browser, I get a blank page. Could anyone please tell me if there is another way to generate .pbd file for dna?<br>
<br>Thanks,<br>Majid<br></div></div><br></div><br>--<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</blockquote></div><br>