Yes justin, the average is not 0 but around 0° (0.584577). But how to obtain the Average normalized CCCC dihedral distribution for example this dihedral?  is few words the figure with g_angle ?<br><br><a href="http://cmt.dur.ac.uk/sjc/thesis_dlc/node106.html">http://cmt.dur.ac.uk/sjc/thesis_dlc/node106.html</a><br>
<br>Thank you again<br><div class="gmail_quote"><div><br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
sa wrote:<br>
&gt; Dear GMXusers<br>
&gt;<br>
&gt; I would like to obtain the normalized CCCC dihedral distribution of the<br>
&gt; alkyl chain of DPC molecules simulated with the CHARMM ff and GMX4.5.3.<br>
&gt; So i used the g_angle tool. I have constructed an index file which<br>
&gt; contain the 9 corresponding angles with make_index_mpi:<br>
&gt;<br>
&gt; a C12 | a C13 | a C14 | a C15 ---&gt; consecutive atoms<br>
&gt; ...<br>
&gt; a C20 | a C21 | a C22 | aC23<br>
&gt;<br>
&gt; and used g_angle command<br>
&gt;<br>
&gt; g_angle_mpi -f *.xtc -ov DPC-Self-CHA_100-155ns-Angle_0_Dihed.xvg -b<br>
&gt; 100000 -e 110000 -n Tail_dihedral_index.ndx -type dihedral<br>
&gt;<br>
&gt; For example by choosing the C15_C16_C17_C18 dihedral angle located in<br>
&gt; the middle of the alkyl chain, i obtain an average value 0° (!!) and the<br>
&gt; following figure<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://www.hostingpics.net/viewer.php?id=825755angdist.png" target="_blank">http://www.hostingpics.net/viewer.php?id=825755angdist.png</a><br>
&gt;<br>
&gt; This  is not what i expect How to obtain simply the classical normalized<br>
&gt; function from g_angle ?<br>
<br>
You&#39;re taking an average of the histogram of the angles, which I don&#39;t think<br>
actually corresponds to the true average.  Your biggest peaks are at +/- 180<br>
(i.e., trans dihedral), so I suspect your mean is likely not really 0.  Use<br>
g_angle -ov to get an actual average over time.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you in advance for your advices<br>
&gt;<br>
&gt; SA<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<font color="#888888"><br>
</font></blockquote></div><br>