Dear All<br><br>I want to run gromacs in parallel on cluster.for this I follow below steps:<br>1-I connect to a node with ssh comand,fro example: ssh compute-o-1<br>2-cd scratch <br>3-grompp     -f   md.mdp    -c   input.gro    -o   output.tpr   -p  topol.top     -n  index.ndx<br>
4- nohup   mpirun  -np  8   mdrun  -deffnm  output   &amp;<br><br>The result is running mdrun on one node(compute-0-1) (on its 4 CPUs)<br>Besides when I used the following command I get an executeable Error:<br>mpirun   -np   8   mdrun_mpi     -deffnm   output  &amp;<br>
<br>The Error is related to mdrun_mpi <br>I think is related to my cluster,because both of above commands work in my laptop<br><br>Please let me know how can I run mdrun on all of CPUs of my cluster.<br>Thanks in advance<br>
Mohsen<br>