Dear all,<br><br>I am running umbrella sampling of a molecule through a lipid bilayer with gromacs 4.5.1.<br>When I extracted the potential of mean force with g_wham I got zero for all the windows.<br>Any ideas of why this is happening?<br>
<br>This is the command I used: <br>g_wham_4.5.1 -it tpr.dat -if pullf.dat -o -hist<br><br>And this is the pull code of my .mdp file:<br><br>; Pull code<br>pull                =  umbrella <br>pull_geometry       =  position <br>
pull_dim            =  N N Y    <br>pull_start          =  yes      <br>pull_ngroups        =  1      <br>pull_group0         =  Bilayer <br>pull_group1         =  Protein    <br>pull_vec1           =  0 0 0    <br>pull_init1          =  0 0 0   <br>
pull_rate1          =  0       <br>pull_pbcatom0       =  1453   <br>pull_pbcatom1       =  13187   <br>pull_k1             =  3000     ;  kJ mol^-1 nm^-2<br>pull_nstxout        =  1000     ; every 2 ps<br>pull_nstfout        =  1000     ; every 2 ps<br>
<br>Thank you.<br>Best regards,<br><br>Susana<br>