<div dir="ltr">Dear, all<br>I just begin to work in gromacs.<br>I would like to run on a protein with amber99. <br>Is there someone here that successfully did a protein simulation in<br>GROMACS with implicit solvent and willing to explain the procedure and<br>
share the parameters used (especially force field). <br><br>In mdout.mdp (gromacs 4.0.5) I found this lines. Can I add them to md.mdp? How to change this parameters correctly? <br>What changes should be done on the previous steps? I mean, how to start a simulation with implicit solvent model from the very beginning?<br>
Sorry for primitive question, but I did not found any useful information about it for the begginers.    <br><br>; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM<br>implicit_solvent         = No<br><br>; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS<br>; Algorithm for calculating Born radii<br>
gb_algorithm             = Still<br>; Frequency of calculating the Born radii inside rlist<br>nstgbradii               = 1<br>; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms<br>; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps<br>
rgbradii                 = 2<br>; Dielectric coefficient of the implicit solvent<br>gb_epsilon_solvent       = 80<br>; Salt concentration in M for Generalized Born models<br>gb_saltconc              = 0<br>; Scaling factors used in the OBC GB model. Default values are OBC(II)<br>
gb_obc_alpha             = 1<br>gb_obc_beta              = 0.8<br>gb_obc_gamma             = 4.85<br>; Surface tension (kJ/mol/nm^2) for the SA (nonpolar surface) part of GBSA<br>; The default value (2.092) corresponds to 0.005 kcal/mol/Angstrom^2.<br>
sa_surface_tension       = 2.092<br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><p style="margin-bottom: 0in;">Sincerely,</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">Yulian Gavrilov 
</p></div><br>
</div>