<HTML dir=ltr><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=unicode">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1649" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV id=idOWAReplyText90540 dir=ltr>
<DIV dir=ltr>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV dir=ltr>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Dear Gromacs users,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I&nbsp;would like so simulate a protein with phosphorylated amino acids with Gromacs 4.5.3. To do so,&nbsp;I got the "ffG43a1p" forcefield available from the user contributions section (subsection force fields) and adapted the parameters given there to Gromos53a6. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>The problem&nbsp;now is that&nbsp;they introduced a new atom type called "OP", which&nbsp;I have to add to the atomtypes.atp of my modified force field. I already read about problems of&nbsp;a modified atomtypes.atp here in the mailing list, but&nbsp;I assumed the problems were sorted out with version 4.5.3.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>But&nbsp;if&nbsp;I add OP to the atom list, pdb2gmx works fine, but grompp is raising the error</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Program grompp, VERSION 4.5.3.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Source code file: toppush.c, line: 629</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Fatal error:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Unknown atomtype CMET</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>which is quite strange&nbsp;because&nbsp;&nbsp;"CMET" isn't appearing in any file I'm using.&nbsp;When&nbsp;I remove OP from the atom list, pdb2gmx is of course raising an error, so I'm a bit stuck here...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>To cut a long story short: Is there any way to introduce a new atom type to atomtypes.atp or do&nbsp;I have to parameterize the phosphorylated residues with already presend atom types?&nbsp;</FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN lang=DE><FONT face=Arial size=2>Thank you in advance,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN lang=DE><FONT face=Arial size=2>Felix Rausch</FONT></DIV>
<P>&nbsp;</P></SPAN></DIV></BODY></HTML>