Is that using anisotropic pressure coupling?<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 12, 2011 at 8:55 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">On 2011-03-12 16.45, Denny Frost wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
I have run NPT simulations using isotropic and semiisotropic coupling<br>
with the same results.  I have never done coupling in just one direction<br>
though, how do you do this?.  I have never used Dispersion corrections.<br>
It seems to me that this would help, rather than hurt though since, as<br>
Aldi said, it will make the system closer to experimental values.  I<br>
will give this a try and see what happens.  My question still remains -<br>
why do NPT and NVT simulations give such different values for surface<br>
tension?<br>
Denny Frost<br>
</blockquote>
<br></div>
You don&#39;t give any values so it is hard to judge.<br>
- NVT may have completely wrong pressure<br>
- Dispersion correction assumes a homogeneous system as regards the average disperson constant per volume, which you probably do not have. E.g. in an ice/water surface dispersion correction may induce melting.<br>
<br>
The dispersion correction is *not* to bring your system closer to experiment but rather to correct for the use of a cut-off.<br>
<br>
- Coupling in one direction: specify e.g.<br>
ref-p = 0 0 1<br>
compressibility = 0 0 4e-5<br>
tau_p = 0 0 5<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
<br>
On Sat, Mar 12, 2011 at 6:40 AM, aldi asmadi &lt;<a href="mailto:aldi.asmadi@gmail.com" target="_blank">aldi.asmadi@gmail.com</a><br></div><div class="im">
&lt;mailto:<a href="mailto:aldi.asmadi@gmail.com" target="_blank">aldi.asmadi@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
    David,<br>
<br>
    I have a question that is still related to your reply.  If the bulk<br>
    liquid NPT and the interfacial liquid-vapor NVT simulations are<br>
    performed using dispersion corrections to the pressure and energy,<br>
    while the intefacial liquid-liquid NPAT simulation don&#39;t use any<br>
    correction, can we say that all results are valid since we don&#39;t give<br>
    the same treatment for all systems?<br>
<br>
    In the NPT and NVT calculations, we apply corrections in order to<br>
    reduce the discrepancy between the calculated and experimental<br>
    properties (say density and surface tension) as small as possible.<br>
    Here we have more confidence that our molecules in systems behave<br>
    accordingly judging from the macroscopic values we obtain.  Meanwhile,<br>
    in the NPAT calculation, we don&#39;t use such correction meaning that the<br>
    property (say interfacial tension) is expected to deviate more from<br>
    the experimental value? This indicates that the system behaves<br>
    differently in comparison to the same simulation conducted with<br>
    correction?<br>
<br>
    Many thanks,<br>
    Aldi<br>
<br>
<br>
    On Sat, Mar 12, 2011 at 11:44 AM, David van der Spoel<br></div><div class="im">
    &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>
     &gt; On 2011-03-12 06.09, Denny Frost wrote:<br>
     &gt;&gt;<br>
     &gt;&gt; I am running MD simulations on Liquid/Liquid interfaces and<br>
    measuring<br>
     &gt;&gt; the interfacial tension between them.  I have found that the<br>
    readings in<br>
     &gt;&gt; NVT simulations are close to experimental values, but have a lot of<br>
     &gt;&gt; variation.  I run NPT simulations on the exact same system and<br>
    find the<br>
     &gt;&gt; results show very little variation, but the values are far from<br>
     &gt;&gt; experimental results.  Does anyone know why this happens?<br>
     &gt;&gt;<br>
     &gt; Please be more specific. How do you do NPT simulations? This may<br>
    influence<br>
     &gt; the result. To get good result I would suggest to do pressure<br>
    coupling only<br>
     &gt; in the normal direction and to turn off dispersion corrections to the<br>
     &gt; pressure.<br>
     &gt;<br>
     &gt; --<br>
     &gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
     &gt; Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
     &gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br></div>
     &gt; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
     &gt; --<br>
     &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
     &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
     &gt; Please search the archive at<br>
     &gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
     &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface<br>
     &gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
     &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
     &gt;<br>
    --<br>
    gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
    www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><div style="visibility: hidden; left: -5000px;" id="avg_ls_inline_popup"></div><style type="text/css">#avg_ls_inline_popup{position: absolute;z-index: 9999;padding: 0px 0px;margin-left: 0px;margin-top: 0px;overflow: hidden;word-wrap: break-word;color: black;font-size: 10px;text-align: left;line-height: 130%;}</style>