<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 03/12/2011 12:51 PM, Justin A. Lemkul wrote:<br>
    Getting hard to follow, so I put my new comments in blue.<br>
    <font color="#000099">Output from Energy Minimization<br>
      <br>
      Steepest Descents converged to Fmax &lt; 1000 in 1814 steps<br>
      Potential Energy&nbsp; = -3.81270276926664e+05<br>
      Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 9.38712770623942e+02 on atom 2292<br>
      Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.88274347161761e+01</font><br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:4D7BB2AC.2050807@vt.edu" type="cite">
      <br>
      Steve Vivian wrote:
      <br>
      <blockquote type="cite">Based on a preliminary test using multiple
        threads, the issue is not
        <br>
        resolved.
        <br>
        This leads me to believe that my Unit Cell is not built
        properly.
        <br>
        <br>
        Below is the procedure used to build the unit cell.&nbsp; I have
        reviewed it many
        <br>
        times, but I would appreciate any input regarding potential
        improvements,
        <br>
        specifically on the line using trjconv in the EM/Shrink loop.
        <br>
        <br>
        Safe up to here, (I hope)...
        <br>
        <br>
        cat KALP_newbox.gro dppc128_whole.gro &gt; system.gro
        <br>
        <br>
        update minim.mdp
        <br>
        ; Strong position restraints for InflateGRO
        <br>
        #ifdef STRONG_POSRES
        <br>
        #include "strong_posre.itp"
        <br>
        #endif
        <br>
        <br>
        Create Strong Position Restraint for protein
        <br>
        genrestr -f KALP_newbox.gro -o strong_posre.itp -fc 100000
        100000 100000
        <br>
        <br>
        Scale Lipid positions by a factor of 4
        <br>
        perl inflategro.pl system.gro 4 DPPC 14 system_inflated.gro 5
        area.dat
        <br>
        <br>
        Begin loop of repeated Energy Minimizations and Shrinking
        (repeat loop approximately 25 times until area is approx 71 Ang
        sq)
        <br>
        Begin LOOP (from n=1 to n = 26)
        <br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;grompp -f minim.mdp -c systm_inf_n.gro -p topol.top -o
        em_n.tpr
        <br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mdrun -v -deffnm em_n
        <br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;trjconv -s em_n.tpr -f em_n.gro -o em_n_out.gro -pbc mol -ur
        compact
        <br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;perl inflategro.pl em_n_out.gro 0.95 DPPC 0 sys_shr_1.gro 5
        <br>
      </blockquote>
      <br>
      One problem here: you start the loop every time with
      system_inf_n?&nbsp; What is system_inf_n?&nbsp; It seems that you should
      start one (non-loop) shrink and then process the subsequent
      shrinking steps from there.&nbsp; At the end of the loop, you write to
      sys_shr_1.gro, which then never gets used again.
      <br>
      <br>
      -Justin
      <br>
    </blockquote>
    <font color="#000066">Put my comments in blue to make it easier to
      read.</font><br>
    <br>
    <font color="#000066">I apologize for the poor description here.&nbsp; <br>
      The first loop begins with the System_inflate.gro file created in
      the earlier process.&nbsp; The rest of the first loop is shown.<br>
      <br>
      At the beginning of the second loop, the input file is
      system_shrink_1.gro, which was the output file at the end of loop
      1.&nbsp; Proceed through the loop, updating the n from 1 to 2 in each
      step.&nbsp; Output file is system_shrink_2.gro.<br>
      <br>
      Input file for loop 3 is system_shrink_3.gro, ....<br>
      <br>
      ....Output from loop 26 is system_shrink_26.gro and output on
      screen provides information on updated Lipid area which has
      achieved target value.<br>
      <br>
      Then proceed to add water (after changing vdw radius of C atoms)<br>
      Add ions<br>
      EM again<br>
      Then Equilibrate.</font><br>
    &nbsp;<br>
    <br>
    <font color="#000099">Output from Energy Minimization (after
      addition of water and ions)<br>
      <br>
      Steepest Descents converged to Fmax &lt; 1000 in 1814 steps<br>
      Potential Energy&nbsp; = -3.81270276926664e+05<br>
      Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 9.38712770623942e+02 on atom 2292<br>
      Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.88274347161761e+01</font><br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:4D7BB2AC.2050807@vt.edu" type="cite">
      <br>
      <blockquote type="cite">ar_shr1.dat
        <br>
        End LOOP
        <br>
        <br>
        Add water Add ions
        <br>
        Re-run EM
        <br>
        Equilibrate (and watch it all explode)
        <br>
        <br>
        <br>
        <br>
        <br>
        <br>
        -----Original Message-----
        <br>
        From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>
        [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org</a>]
        <br>
        On Behalf Of Justin A. Lemkul
        <br>
        Sent: Thursday, March 10, 2011 12:56 PM
        <br>
        To: Discussion list for GROMACS users
        <br>
        Subject: Re: [gmx-users] Fwd: KALP-15 in DPPC Tutorial Step 0
        Segmentation
        <br>
        Fault
        <br>
        <br>
        <br>
        <br>
        Steve Vivian wrote:
        <br>
        <blockquote type="cite">On 03/08/2011 10:23 PM, Justin A. Lemkul
          wrote:
          <br>
          <blockquote type="cite">
            <br>
            Steve Vivian wrote:
            <br>
            <blockquote type="cite">New to Gromacs.
              <br>
              <br>
              Worked my way through the tutorial with relatively few
              issues until the Equilibration stage.&nbsp; My system blows
              up!!
              <br>
              <br>
              Returned to the Topology stage and rebuilt my system
              ensuring that I followed the procedure correctly for the
              InflateGro process.&nbsp; It appears to be correct, reasonable
              lipid area, no water inside my bilayer, vmd shows a
              structure which appears normal (although I am new to
              this).&nbsp; There are voids between bilayer and water
              molecules, but this is to be expected, correct?
              <br>
              <br>
              Energy Minimization repeatedly produces results within the
              expected range.
              <br>
              <br>
              Again system blows up at equilibration, step 0
              segmentation fault.&nbsp; Regardless of whether I attempt the
              NVT or Anneal_Npt process (using the provided mdp files,
              including the updates for restraints on the protein and
              the lipid molecules).
              <br>
              <br>
              I have attempted many variations of the nvt.mdp and
              anneal_npt.mdp files hoping to resolve my issue, but with
              no success.&nbsp; I will post the log information from the
              nvt.mdp file included in the tutorial.
              <br>
              <br>
              Started mdrun on node 0 Tue Mar&nbsp; 8 15:42:35 2011
              <br>
              <br>
              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda
              <br>
              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000
              <br>
              <br>
              Grid: 9 x 9 x 9 cells
              <br>
              &nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)
              <br>
              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Improper
              Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14
              <br>
              &nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.52380e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.88116e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.23939e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
              -3.03546e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.71260e+03
              <br>
              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Disper. corr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
              Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Position Rest.
              <br>
              &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.49883e+04&nbsp;&nbsp; -1.42684e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.78329e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
              -1.58540e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.57100e+00
              <br>
              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Total
              Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Conserved En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
              Temperature
              <br>
              &nbsp;&nbsp; -4.20446e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; *1.41436e+14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.41436e+14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
              1.41436e+14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.23343e+12*
              <br>
              &nbsp;Pres. DC (bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pressure (bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Constr. rmsd
              <br>
              &nbsp;&nbsp; -1.56331e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.05645e+12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.18070e+01
              <br>
              <br>
              <br>
              As you can see the Potential Energy is reasonable, but the
              Kinetic Energy and Temperature seem unrealistic.
              <br>
              <br>
              I am hoping that this is enough information for a more
              experienced Gromacs user to provide guidance. Note:&nbsp; that
              I have tried all of the suggestions that I read on the
              mailing list and in the "blowing up" section of the
              manual, specifically:
              <br>
              -reduced time steps in Equilibration Stages
              <br>
              -reduced Fmax during EM stage (down as low as 100kJ which
              did not help)
              <br>
              -modified neighbours list parameters
              <br>
              <br>
              Any help is appreciated. I can attach and forward any
              further information as required, please let me know.
              <br>
              <br>
            </blockquote>
            Which Gromacs version are you using?&nbsp; It looks like you're
            running in serial, is that correct?&nbsp; Otherwise, please
            provide your mdrun command line.&nbsp; If you're using version
            4.5.3 in serial, I have identified a very problematic bug
            that seems to affect a wide variety of systems that could be
            related:
            <br>
            <br>
          </blockquote>
          Yes I am currently using Gromacs 4.5.3 in serial.
          <br>
          <br>
          <blockquote type="cite"><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://redmine.gromacs.org/issues/715">http://redmine.gromacs.org/issues/715</a>
            <br>
            <br>
            I have seen even the most robust tutorial systems fail as
            well, as some new lab members experienced the same problem.&nbsp;
            The workaround is to run in parallel.
            <br>
            <br>
          </blockquote>
          If I understand you correctly, the recommended workaround is
          to re-configure gromacs 4.5.3 with mpi enabled and complete
          the Equilibration and Production simulation in parallel.
          <br>
          <br>
        </blockquote>
        <br>
        Strictly speaking, an external MPI library is no longer
        required.&nbsp; Gromacs
        <br>
        now builds with internal threading support (as long as your
        hardware and
        <br>
        compilers support such features).&nbsp; In fact, thread support
        builds by default if
        <br>
        possible, so if your mdrun has an -nt flag, you don't need to do
        anything else except
        <br>
        use "mdrun -nt (number of threads)" when running your command.
        <br>
        <br>
        <blockquote type="cite">Do you have a recommendation for which
          mpi library to install (lam mpi seems to be referenced in
          other articles on the mailing list)?
          <br>
          <br>
        </blockquote>
        <br>
        I've had good luck with OpenMPI in the past, but this is not
        strictly
        <br>
        necessary in all cases.
        <br>
        <br>
        <blockquote type="cite">Are there documented installation
          procedures for this process (upgrading to gromacs with mpi
          enabled)?
          <br>
          <br>
        </blockquote>
        <br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions#Using_MPI">http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions#Using_MPI</a>
        <br>
        <br>
        -Justin
        <br>
        <br>
        <blockquote type="cite">Thanks for your assistance.
          <br>
          Steve.
          <br>
          <br>
          <blockquote type="cite">-Justin
            <br>
            <br>
            <blockquote type="cite">Regards,
              <br>
              Steve Vivian.
              <br>
              <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:svivian@uwo.ca">svivian@uwo.ca</a>
              <br>
              <br>
              <br>
              <br>
            </blockquote>
          </blockquote>
        </blockquote>
        <br>
      </blockquote>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>