Hi,<br><br>I try to calculate hydrogen bond (HB) energy.<br>The g_energy does not have this term.<br>And I find the g_hbond function in Gromacs.<br>But the HB energy calculation is not in g_hbond.<br>Therfore, I also try to dump the .ndx file including the HB_donor, HB_acceptor and HB_system from g_hbond, and perfrom the grompp<br>
But there is a error msg,<br><br>Atom 17380 in multiple Energy Mon. groups<br><br>Another problem is about calculating the intramolecular energy e.g. 1,4-nonbonded, van der waal, electrostatic etc. of the ligand in lipid layer-ligand complex system.<br>
I could set up the energy_grp and calculate energy between the ligand group and the lipid layer group.<br>But I need the intramolecular energy in the groups.<br>How should I deal with these problems?<br><br>Best,<br><br>                                                               Chia-yun Chang<br>