Dear All<br>Afew question about Pulling in Umberella Sampling<br><br>1-the goal of pulling is making some primary structures (in different distances) to do umberella sampling for each one of them.<br> I can make these states by transporting my ligands along a vector to prepare these primary structures.Is this correct?Now I can do US for each one!without any need to doing pulling.<br>
<br>2-Why do we keep fix the relative orientation of Protein-ligand during the pulling ? I think changing the orientation of ligand during the pulling(suppose the protein is restrain) can chang our result?<br>  Because our umbrella sampling maintain this orientation <a href="http://too.am">too.am</a> I right?<br>
<br>Thanks in advance<br>