<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
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Not sure if this have anything to do with the switch of thermostat or due to some other parameter change?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>The mdp file below which contain the Nose Hoover thermostat was used to generate A3_1posre (see below grompp command)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>title = NPT<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>define = -DPOSRES <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Run parameters<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>integrator = md <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nsteps = 500000 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>dt = 0.002 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Output control<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstxout = 50000 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstvout = 50000 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstenergy = 500 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstlog = 500 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Bond parameters<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>continuation = yes <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>constraint_algorithm = lincs <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>constraints = all-bonds <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>lincs_iter = 1 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>lincs_order = 4 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Neighborsearching<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>ns_type = grid <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstlist = 5 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>rlist = 1.2 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>rcoulomb = 1.2 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>rvdw = 1.2 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Electrostatics<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>coulombtype = PME <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pme_order = 4 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>fourierspacing = 0.16 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Temperature coupling is on<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tcoupl = Nose-Hoover <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tc-grps = Protein POPC SOL_CL- <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tau_t = 0.1 0.1 0.1 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>ref_t = 310 310 310 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Pressure coupling is on<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pcoupl = Parrinello-Rahman <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pcoupltype = semiisotropic <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tau_p = 5.0 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>ref_p = 1.0 1.0 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Periodic boundary conditions<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pbc = xyz <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Dispersion correction<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>DispCorr = EnerPres <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Velocity generation<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>gen_vel = no <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; COM motion removal<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstcomm = 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>comm-mode = Linear<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>comm-grps = Protein_POPC SOL_CL-<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Energy groups<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>energygrps = Protein POPC SOL_CL-<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>I then use another mdp file containing v-rescale thermostat to extend the simulation<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>grompp –f v-rescale.mdp –c A3_1posre.gro –o A3_noposre.tpr -n index.ndx -p topol_3.top<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>mdrun_mpi -s A3_noposre.tpr -v -cpi A3_1posre.cpt<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>title = NPT<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>define =<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Run parameters<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>integrator = md <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nsteps = 1000000 ; 2 * 1000000 = 2000 ps (2 ns)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>dt = 0.002 ; 2 fs<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Output control<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstxout = 250000 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstvout = 250000 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstenergy = 1000 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstlog = 500 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstxtcout = 250000 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Bond parameters<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>continuation = yes <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>constraint_algorithm = lincs <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>constraints = all-bonds <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>lincs_iter = 1 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>lincs_order = 4 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Neighborsearching<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>ns_type = grid <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstlist = 10 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>rlist = 1.2 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>rcoulomb = 1.2 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>rvdw = 1.2 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Electrostatics<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>coulombtype = PME <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pme_order = 4 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>fourierspacing = 0.12 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Temperature coupling is on<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tcoupl = v-rescale <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>fluctuation<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tc-grps = Protein POPC SOL_CL- <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tau_t = 0.1 0.1 0.1 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>ref_t = 310 310 310 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Pressure coupling is on<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pcoupl = Parrinello-Rahman <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pcoupltype = semiisotropic <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>tau_p = 1.0 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>ref_p = 1.0 1.0 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Periodic boundary conditions<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pbc = xyz ; 3-D PBC<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Dispersion correction<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>DispCorr = EnerPres <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Velocity generation<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>gen_vel = no <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; COM motion removal<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; These options remove motion of the protein/bilayer relative to the solvent/ions<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>nstcomm = 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>comm-mode = Linear<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>comm-grps = Protein_POPC SOL_CL-<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; Energy groups<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>energygrps = Protein POPC SOL_CL-<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div> <<
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