<br /><br /><span>On 16/03/11, <b class="name">Kavyashree M </b> &lt;hmkvsri@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTimkkBgyFxY_rL_wSpzBwo2NjCK=wPWdi-5oAkoS@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html">Dear users,<br /><br />Upon was trying to simulate an npt ensemble (protein in water),<br />pressure was coupled using  parinello rahman system with tau_p = 2,<br />tau_t = 1; compressibility 4.5e-5, type = isotropic.<br /><br />(cut off scheme (vdw_type = switch; rvdw = 1.0; rvdw_switch = 0.9;<br />
rcoulomb = 1.2; rlist = 1.2).<br /><br />No matter what value of tau_p is used (0.5, 1, 2, 2.5, 3, 3.5), the pressure<br />fluctuations are very drastic. I have gone through the mailing list regarding <br />this issue but could not come to any conclusion.<br />
<br />Any suggestions are helpfull.<br /><br />This is one of the statistics for pressure fluctuations.<br /><br />Statistics over 500001 steps [ 0.0000 through 1000.0000 ps ], 1 data sets<br />All statistics are over 100001 points<br />
<br />Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br />-------------------------------------------------------------------------------<br />Pressure                    5.77629       0.99    398.013   -5.34218  (bar)</div></blockquote><br />Looks very normal. See http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs number 3<br /><br />Mark