Hi, I have got a situation and I don&#39;t know how to cope with it. I carried out a simulation in gromacs 4.5.3 and the objects are protein, rna, water...The idea is that one atom part of rna has to create an h-bond with a water molecule, which at the same time makes h-bonds with aminoacids of the binding site. Something like a coordination molecule. So a command g_dist with index file and distance 0.35 showed me a number of water molecule I needed. But when I decided to visualize this process I saw that my protein with rna  went out from the water box to another &quot;cell&quot; and the part of rna sppeared in the bottom of this box (( as I know this is not a bug or error of pbc. But i don&#39;t understand what is happening. Does my water forms bonds with this part and aminoacids (!!!) of binding site, because when I&#39;ve converted trr to pdb with index file (atoms of binding site, part of rna, water molecules I&#39;ve got with g_dist) I saw water molecules with part of rna in the bottom of display and binding site in the top...I tried to use -pbc nojump and center, -pbc mol...this flags united protein, rna and part of rna togetrher, but my water is not there (((( Thank you<br>