<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
<HEAD>
  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.28.3">
</HEAD>
<BODY>
Dear SA<BR>
To be honest I am not sure this can be done by using g_angle, I used my own code for this calculation. I could send it to you if you send me a message off the list... but I would prefer to talk with a non-anonymous.<BR>
<BR>
Cheers,<BR>
<BR>
&#193;ngel.<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
On Wed, 2011-03-16 at 15:58 +0100, sa wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    Hi all <BR>
    <BR>
    This message is related with my previous message (see below) about the calculation of the order value for the DPC alkyl chain in a micelle. So if I understand well the previous angel's message, I need to compute the theta angle between the 2 vectors defined by the (i-1,i+1) and (i, i+2). So for carbon atom C14, I have created an index file with two groups defined as following<BR>
    <BR>
    aC14 | aC16&nbsp; and aC14 | aC16 with make_ndx_mpi<BR>
    <BR>
    and used the command g_sgangle_mpi -s run_1.tpr -f *.xtc -b 100000 -e 101000 -n index.ndx and choose the C13_C15 and C14_C16 groups. Unfortunately i obtain the following error <BR>
    <BR>
    Group C13_C15 contains the following atoms:<BR>
    Atomname 0: C13<BR>
    Atomname 1: C15<BR>
    Atomname 2: C13<BR>
    Atomname 3: C15<BR>
    Atomname 4: C13<BR>
    Atomname 5: C15<BR>
    Atomname 6: C13<BR>
    Atomname 7: C15<BR>
    Atomname 8: C13<BR>
    Atomname 9: C1<BR>
    ...<BR>
    <BR>
    Group C14_C16 contains the following atoms:<BR>
    Atomname 0: C14<BR>
    Atomname 1: C16<BR>
    Atomname 2: C14<BR>
    Atomname 3: C16<BR>
    Atomname 4: C14<BR>
    <BR>
    ...<BR>
    Atomname 105: C16<BR>
    Atomname 106: C14<BR>
    Atomname 107: C16<BR>
    <BR>
    Careful: distance only makes sense in some situations.<BR>
    <BR>
    Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time 100000.000<BR>
    Back Off! I just backed up sg_angle.xvg to ./#sg_angle.xvg.2#<BR>
    <BR>
    -------------------------------------------------------<BR>
    Program g_sgangle_mpi, VERSION 4.5.3<BR>
    Source code file: gmx_sgangle.c, line: 127<BR>
    <BR>
    Fatal error:<BR>
    Something wrong with contents of index file.<BR>
    <BR>
    For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<BR>
    website at <A HREF="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</A><BR>
    -------------------------------------------------------<BR>
    <BR>
    Did I make a error, what is the correct approach. to obtain the angle between 2 vectors ?<BR>
    <BR>
    Thank you in advance <BR>
    <BR>
    SA<BR>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BLOCKQUOTE>
        <BR>
        ------------------------------<BR>
        <BR>
        Message: 3<BR>
        Date: Wed, 16 Mar 2011 10:06:44 +0100<BR>
        From: ?ngel Pi?eiro &lt;<A HREF="mailto:angel.pineiro@usc.es">angel.pineiro@usc.es</A>&gt;<BR>
        Subject: Re: [gmx-users] Re: gmx-users Digest, Vol 83, Issue 106<BR>
        To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A HREF="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;<BR>
        Message-ID: &lt;1300266404.6843.29.camel@arginine&gt;<BR>
        Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<BR>
        <BR>
        Then, please, let us know how it works for your systems. The results for<BR>
        my systems were exactly as expected. This allows to evaluate the order<BR>
        of the C-chains regardless their orientation... but I do not know if<BR>
        there is a better method to do this. I would be happy to know the<BR>
        opinion of anyone else who want to try this or to propose an alternative<BR>
        method.<BR>
        <BR>
        Cheers,<BR>
        <BR>
        &#195; ngel.<BR>
        <BR>
        <BR>
        <BR>
        On Wed, 2011-03-16 at 09:42 +0100, sa wrote:<BR>
        <BR>
        &gt; Thank you Angel, I will try your suggestion.<BR>
        &gt;<BR>
        &gt; Cheers<BR>
        &gt;<BR>
        &gt; SA<BR>
        &gt;<BR>
        &gt;<BR>
        &gt;<BR>
        &gt;<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hi<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; very recently I faced the same problem with a system that<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gives micelles<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; of different geometries and, as far as I saw, g_order don't do<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; that.<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Then I decided to compute a kind of local order parameters<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; defined as:<BR>
        &gt;<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; S_i=(3 cos(\theta)-1)/2<BR>
        &gt;<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; where theta is the angle between the segments joining the<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; carbon atoms<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; (i-1,i+1) and (i, i+2) in a linear C-chain. Perhaps you find<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; this<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; reasonable for your analysis...<BR>
        &gt;<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Cheers,<BR>
        &gt;<BR>
        &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &#195; ngel.<BR>
        &gt;<BR>
        &gt;
    </BLOCKQUOTE>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
<PRE>
-- 
gmx-users mailing list    <A HREF="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>
<A HREF="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A>
Please search the archive at <A HREF="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <A HREF="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.
Can't post? Read <A HREF="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A>
</PRE>
</BLOCKQUOTE>
<BR>
</BODY>
</HTML>