Hello<div><br></div><div>I am trying to pdb2gmx with a free amino acid in amber99sb as follows:</div><div><br></div><div>pdb2gmx -f temp.pdb -ff amber99sb</div><div><br></div><div>there are no ter records in the input pdb file.</div>
<div><br></div><div>However, pdb2gmx fails with the following error:</div><div><br></div><div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program pdb2gmx, VERSION 4.5.3</div><div>Source code file: pdb2gmx.c, line: 284</div>
<div><br></div><div>Fatal error:</div><div>In the chosen force field there is no residue type for &#39;GLU&#39; as a starting terminus</div><div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div></div><div><div>-------------------------------------------------------</div></div><div><br></div>
<div>Is this some kind of bug. If so, is there a workaround? For example, can I have the amino acid bound to the terminus of the larger protein (for which the free amino acid is a ligand) and make the bond have a zero spring constant or something? </div>
<div><br></div><div>Maria</div><div><br></div><div><br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>
</div>