<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt;color:#333333;"><table width="100%" cellspacing="0" cellpadding="0" align="center"><tbody><tr><td width="100%"  height="100%" bgcolor="#ffffff" valign="top"><table  width="100%" height="100%" style="table-layout:fixed;" cellspacing="0" cellpadding="0" align="center"><tbody><tr><td width="140" align="left" valign="bottom"><img src="cid:1300417191575@dclient.mail.yahoo.com" width="120" height="94" alt="" border="0"></td><td valign="top" style="overflow: hidden; text-overflow: ellipsis; white-space: nowrap;"><table width="100%" style="white-space:normal;" cellspacing="0" cellpadding="0"><tbody><tr><td height="30"> </td></tr><tr><td><font face="times new roman, new york, times, serif" size="3" color="#333333" style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;color:#333333;"><div
 style="text-align:undefined;">Dear GROMACS users and developers,<br><br>I'm having trouble getting values for my 1/viscosity calculation which obtained from g_energy:<br><br>g_energy -f md1_vis.edr -o md1_vis_1perv.xvg<br><br><br>the output:<br><br>Statistics over 1000001 steps [ 0.0000 through 2000.0000 ps ], 1 data sets<br>All statistics are over 100001 points<br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp; Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>1/Viscosity&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; (m s/kg)<br><br>gcq#310: "Shoot them in the back now" (The Ramones)<br><br><div>&nbsp;Have I done something wrong with my simulation? If that's the case, then this is my mdp parameter:<br><br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= /lib/cpp<br>include &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= -I../top<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0.002<br>nsteps&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 10000<br>nstxout &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 100<br>nstvout &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 100<br>nstlog&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1000<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 100<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 100<br>xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
 &nbsp;= System&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= System&nbsp; <br>nstlist &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 10 <br>ns_type &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= grid<br><br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.0<br><br>; PME chosen as the best option to calculate viscosity ;<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.0<br><br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.4<br><br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br><br>tcoupl&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= berendsen<br>tc-grps &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= System&nbsp;&nbsp; <br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0.1<br><br>;
 temperature supposed to set to 20*C @ 293.15 K as reference work ; <br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 293.15<br><br>Pcoupl&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= no<br><br>gen_vel &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 298.15<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 173529<br><br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= none<br><br><br>; NEMD ;<br><br>acc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br>accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.0 0.0<br>cos_acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.02<br><br><br>Any suggestion are most welcomed and thank you in advance!<br><br><br><br></div>MUHAMMAD ALIF MOHAMMAD LATIF<br>Laboratory of
 Theoretical and Computational Chemistry<br>Department of Chemistry<br>Faculty of Science<br>Universiti Putra Malaysia<br>43400 UPM Serdang, Selangor<br>MALAYSIA<div><br></div>
</div></font></td></tr><tr><td height="10"> </td></tr></tbody></table></td><td width="30"> </td></tr></tbody></table></td></tr><tr><td height="120" bgcolor="#ffffff"><table cellpadding="0" cellspacing="0" align="left"><tr><td width="310" height="120"><img src="cid:1300417191576@dclient.mail.yahoo.com" width="310" /></td><td align="right" width="*"> </td></tr></table></td></tr></tbody></table></div><br>

      </body></html>