<p>Hi Mohsen. These programs calculate quite different things. Please read their manpages. Read them better if you already read them once ;)</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Mar 19, 2011 12:16 PM, &quot;mohsen ramezanpour&quot; &lt;<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br>Dear All<br><br><br>I have a trajectory(.xtc) and its corresponding .tpr file:<br>
I used the following commands separately but the results were different,Why??<br><br>g_rms    -f   trajectory.xtc    -s   structure.tpr    -n index.ndx    -o   rms.xvg<br>
I choosed   group number 12 (drug in pulling problem) for two choose<br><br>g_rmsdist       -f   trajectory.xtc    -s   structure.tpr       -o   rmsdist.xvg<br>I choosed the group number 12 <br><br>Since I didn&#39;t determine the reference for g_rms ,I expect the same results,because both of them choose the tpr structure as the reference one.<br>

Am I right?<br><br>Thanks in advance<br><br><br>
<br><br>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></p>