Hello,<br><br>I&#39;m sorry if my questions are on the elementary level, as I am still learning how to use GROMACS.  I would like perform an MD run on a peptide that has an amidated c-terminal.  My understanding is that I can modify my PDB structure to include the NH2 group.  Then, with pdb2gmx I use the &quot;-ter&quot; option and select &quot;none&quot; for the C-terminus.  Is this correct?  What is the best way to edit the PDB file to add the amide group?  Can it be done through a structural editor?<br>
<br>Best regards,<br><br>Anna<br>