<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px">
<DIV id=yiv1958506408>
<TABLE border=0 cellSpacing=0 cellPadding=0>
<TBODY>
<TR>
<TD vAlign=top>Dear all..<BR><BR>I am using g_membed tools to embed the protein into lipid membrane. I read that before doing g_membed we need to run a short run with some options in .mdp files. <BR>what are the steps do we need to do before g_membed. It is given that box size should be taken from the membrane strucuture file but i don t know how and where to mention the size?<BR>Whether any tutorial is available for transmembrane protein using g_membed tool?<BR><BR>Thank you<BR><BR>Mohanalakshmi N.<BR></TD></TR></TBODY></TABLE><BR></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table><br>