<br><br><div class="gmail_quote">On 20 March 2011 15:23, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
Moeed wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear experts,<br>
<br>
I am trying to build up a polymer in hexane system by increasing the density and use this for FE calculation. After PR step, my NVT and NPT trailes failed. Initially I used to get LINCS and 1-4 warnings (even for NVT) which were not because of flawed topology file. It turned out that simulations crashed just because of using -np &gt; 4. But still even with this -np, NPT did not work which made me to swtich to berendsen from parrinelo rahman scheme. As I approched the desired density again simulation crashed, so I used<br>

<br>
trjconv -s .tpr -f .trr -o frame2300.gro -dump 2300<br>
<br>
to extract one of the frames before crash then I did another NVT to equilibrate.<br>
mpirun -np 4 mdrun_mpi -deffnm PE60-110Hex-NPT-frame2300_md<br>
<br>
after around 1 ns I get the error below ( mdp file is also included). I described above since I encountered the situation where root cause of problem was not topology and just the computational issue ( I mean -np), I am just curious if the same thing applies here. So I have two concerns:<br>

<br>
1- Crash at the early stages of run ( topology is working fine for a single hexane, so this can not be the reason). only works only for -np =&lt;4.<br>
<br>
2- Crash when compressing because chain crashes on itself. ( I have no control on this because chains takes different shapes and becomes extended)<br>
<br>
<br>
can you please comment on the proper settings for compressing the system.<br>
<br>
more details: There is only one polyethylene chain ( 60 units) in 110 hexane ( box size 20 nm at the beginning) The chain is not convoluted and has a little extended shape that crashes on itself for long runs.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
This is likely the problem.  The compression of the system is occurring too fast for the system to adequately respond.  If the PE chain is fully extended, any significant change in the box size (which is mostly a function of the solvent, in this case, hexane) will case PE to interact via PBC and collapse.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
****************************************<br>
Mark:  Why aren&#39;t you using genbox on your polymer starting configuration and an equilibrated box of hexane of the right density?<br>
<br>
me: Hi, I need to work with polymer 15 Wt% system, so I manually calculated how many hexane I need to get this concentration. So for a single PE chain of 60 units I need 110 hexane. Here is the command:<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
The treatment of your system is also problematic.  You need a certain composition, but a straight PE chain with only 110 hexane will probably respond very drastically to any non-equilibrium conditions.  You need to generate a more sensible configuration for the PE chain such that it does not collide with itself.  I would suspect that a more compact PE chain in conjunction with a hexane box with a density closer to your target would (1) eliminate the need for compression and (2) be more stable.<br>
</blockquote><div><br>Thank you.<br><br>1- So You mean I should compress a chain separately and make a hexane 
box and combine these two? How is this possible to insert a  solute in a
 prepared solvent box? <br><br>2- As I compress the system (NPT equilibrated to density of 0.62 g/l) chain takes a realistic shape, which is not extended. NVT on this configuration sometimes cause the chain to a more straight chain.Now I extracted a frame from NPT a little before equilibration (density 0.5, and actually this is the density I want)  and equilibrated by NVT and no crash happened. As I asked in previous message I only want to assure if I can extract a frame ( even density is not equilibrated) followed by NVT to equilibbrate and use this as production runs.?<br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
/genbox -cp PE60.gro -ci Hexane.gro -o PE60-110Hex.gro -nmol 110        /<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
/since chains is completely extended ( ~ 16 nm) I am using a cubic box of 20 nm and add 110 hexane which gives a very low density./<br>
<br>
//<br>
<br>
Can you please let me know how else genbox can be employed for this purpose&gt;? ( if there is a better way of doing this)<br>
<br>
Also, If I compress to a density higher than needed, can I view the density profile and read off the time that gives the desired density and extract that frame ( with command above) followed by NVT to equilibrate and use that as prodcution run?<br>

<br>
Please help me with this.<br>
Thanks a lot,<br>
Moeed<br>
===========================================<br>
<br>
step 449800, will finish Tue Mar 15 11:23:55 2011<br>
step 449900, will finish Tue Mar 15 11:23:55 2011<br>
[node5:09563] *** Process received signal ***<br>
[node5:09563] Signal: Segmentation fault (11)<br>
[node5:09563] Signal code: Address not mapped (1)<br>
[node5:09563] Failing at address: 0xffffffff80849dc0<br>
[node5:09563] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x3a2660eb10]<br>
[node5:09563] [ 1] mdrun_mpi [0x4f0155]<br>
[node5:09563] [ 2] mdrun_mpi(gmx_pme_do+0x216d) [0x4f9c1d]<br>
[node5:09563] [ 3] mdrun_mpi(do_force_lowlevel+0x21c8) [0x49c658]<br>
[node5:09563] [ 4] mdrun_mpi(do_force+0xc59) [0x50db19]<br>
[node5:09563] [ 5] mdrun_mpi(do_md+0x5623) [0x43e353]<br>
[node5:09563] [ 6] mdrun_mpi(mdrunner+0xa07) [0x435e07]<br>
[node5:09563] [ 7] mdrun_mpi(main+0x1269) [0x443319]<br>
[node5:09563] [ 8] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4) [0x3a25e1d994]<br>
[node5:09563] [ 9] mdrun_mpi [0x420449]<br>
[node5:09563] *** End of error message ***<br>
--------------------------------------------------------------------------<br>
mpirun noticed that process rank 0 with PID 9563 on node node5.reyclus.loc exited on signal 11 (Segmentation fault).<br>
-----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
pbc              =  xyz                  <br>
       ;        Run control                   integrator          =  md                dt                  =  0.002               nsteps              =  1000000 ;5000         nstcomm             =  100           <br>
;        Output control<br>
nstenergy           =  100                nstxout             =  100                 nstvout             =  0<br>
nstfout             =  0<br>
nstlog              =  1000           nstxtcout          =  1000                 <br>
;        Neighbor searching<br>
nstlist             =  10               ns_type             =  grid               <br>
;        Electrostatics/VdW<br>
coulombtype         =  PME                    vdw-type            =  Shift             rcoulomb-switch     =  0                  rvdw-switch         =  0.9 ;0               <br>
;        Cut-offs<br>
rlist               =  1.25                 rcoulomb            =  1.25 ;1.1           rvdw                =  1.0               <br>
;        PME parameters<br>
fourierspacing      =  0.12               fourier_nx          =  0<br>
fourier_ny          =  0<br>
fourier_nz          =  0<br>
pme_order          =  4                 ewald_rtol          =  1e-5<br>
optimize_fft      =  yes<br>
<br>
;        Temperature coupling   Tcoupl              =  v-rescale                 tc-grps             =  System  ;HEX                   tau_t               =  0.1     ;0.1           ref_t               =  300     ;300          ;        Pressure coupling<br>

Pcoupl              =  no;berendsen             Pcoupltype          =  isotropic               tau_p               =  0.5                ;0.5   compressibility     =  4.5e-5 4.5e-5         ref_p               =  30    30             <br>

;        Velocity generation               gen_vel             =  yes                 gen_temp            =  300.0               gen_seed            =  173529                 <br>
;        Bonds<br>
constraints             = all-bonds              constraint-algorithm = lincs<br>
</div></div></blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>