<div>Hello,<br><br>I am new gromacs user.<br>I am trying to set up a
water-methanol system with few hyrdroxide ions.<br><br>Since hyrdroxide ion
does not already exist in gromacs database, I defined the following in the .rtp
file ( I am using ffG53a6)<br><br>[ OH ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp;&nbsp;
OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.41000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0<br>&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.41000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;
OW&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_38<br>&nbsp;[ angles ]<br>;&nbsp;
ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp; gromos
typpe<br>&nbsp;[ impropers ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;
aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<br>&nbsp;[
dihedrals ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;
ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<br><br><br>I also included OH
in the .atp file ( I realise that hydroxide ion is NOT an atom, its a diatomic
anion, I was just trying!)<br><br>I ran into the error: No such moleculetype
OH<br><br>I further included information in the ions.itp as follows:<br><br>[
moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1<br><br>[ atoms ]<br>; id&nbsp; at type&nbsp; res nr&nbsp;&nbsp; residu name
at name&nbsp; cg nr charge<br>1&nbsp; OH 1&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;
1 -1<br><br>The genion adds the "OH"&nbsp; in the .gro file and also the
topol.top but when I try to minimize the system using <br>grompp -f minim.mdp
-c 5his8_meohi_wat.gro -p topol.top -o em.tpr<br>I am still running into the
same error, No such moleculetype OH.<br><br>Any help will be greatly
appreciated to help me
understand.<br><br>Thanks,<br>Shivangi<br><br><br><br><br><br><br><br>Shivangi
Nangia<br>Garrison Group<br>Graduate Student<br>201A Chemistry
Building<br>University Park PA 16802<br><br><br></div>