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<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    Hi,<br>

    <br>

    I'm about to simulate a disaccharide in water and have created a

    topology/ff-mod based on the 56Acarbo parameters based on gromos

    53a6 from<br>

    <br>

    "A reoptimized GROMOS force field for hexopyranose-based

    carbohydrates accounting for the relative free energies of ring

    conformers, anomers, epimers, hydroxymethyl rotamers, and glycosidic

    linkage conformers."<br>

    &#65279;Hansen, H. S.; H&uuml;nenberger, P. H. <i>Journal of computational

      chemistry</i>. 2010.<br>

    doi: 10.1002/jcc.21675<br>

    <br>

    I'm having troubles understanding how to implement the special 1-5

    LJ interactions (N2 and N5, p 1008 in the article) used in that

    paper. I tried to use the [ pairs_nb ] section in the molecule

    topology since I believe the [ pairs ] section is for 1-4

    interactions only, but with that grompp failed with the following

    error:<br>

    <br>

    Fatal error:<br>

    Invalid case in switch statement, file topio.c, line 905<br>

    For more information and tips for troubleshooting, please check the

    GROMACS<br>

    website at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>

    <br>

    This error seems to disappear when the section is commented out.<br>

    <br>

    Thus I have a couple of questions that someone might be able to

    answer:<br>

    <br>

    Can I use the [ pairs ] section for 1-5 interactions,<br>

    or do you have any other suggestions (I'm modifying a copy of

    gromos53a6.ff/)? <br>

    What is the [ pairs_nb ] used for?<br>

    <br>

    Below follows a relevant section of my molecule.itp, the charges are

    there because that is how pairs_nb looks in the manual. The

    variables N1-N5 are defined in the ffbonded.itp file.<br>

    <br>

    [ pairs ]<br>

    ;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

    &nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N3 ;C6 C1<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N3 ;C6 C3<br>

    &nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N3 ;C12 C8<br>

    &nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N3 ;C12 C11<br>

    &nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O9 C3<br>

    &nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O9 C5<br>

    &nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O2 C4<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O3 C1<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O3 C5<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O4 C2<br>

    &nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O9 C9<br>

    &nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O1 C8<br>

    &nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O1 C10<br>

    &nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O7 C10<br>

    &nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O7 C11<br>

    &nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N4 ;O8 C7<br>

    <br>

    [ pairs_nb ]<br>

    &nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.232&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;HO2 C4<br>

    &nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp; -0.464&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;HO2 O5<br>

    &nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.464&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;HO3 C1<br>

    &nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.232&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;HO3 C5<br>

    &nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.232&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;HO4 C2<br>

    &nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp; -0.464&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;HO4 O5<br>

    &nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.464&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;H11 C11<br>

    &nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.232&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;H11 C10<br>

    &nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.232&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;H12 C7<br>

    &nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp; -0.464&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2 ;H12 O6<br>

    &nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.464&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N5 ;O9 C6<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.642&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N5 ;O3 C6<br>

    &nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.464&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N5 ;O1 C12<br>

    &nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.642&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N5 ;O7 C12<br>

    <br>

    Thanks in advance!<br>

    <br>

    Regards<br>

    Jon<br>

  </body>

</html>