<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Box size is in the last line of the coordinate file, both .gro and .pdb will have the box size / dimensions there.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Catch ya,<br><br>Dr. Dallas Warren<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Medicinal Chemistry and Drug Action<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>, Monash University<br>381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>dallas.warren@monash.edu<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>+61 3 9903 9304<br>---------------------------------<br>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a nail.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>On Behalf Of </b>Mohana lakshmi<br><b>Sent:</b> Sunday, 20 March 2011 3:50 AM<br><b>To:</b> gromacs users<br><b>Subject:</b> [gmx-users] Fw: g_membed tool<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0><tr><td valign=top style='padding:0cm 0cm 0cm 0cm'><blockquote style='border:none;border-left:solid #1010FF 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt;margin-left:3.75pt;margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div id=yiv1958506408><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0><tr><td valign=top style='padding:0cm 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal>Dear all..<br><br>I am using g_membed tools to embed the protein into lipid membrane. I read that before doing g_membed we need to run a short run with some options in .mdp files. <br>what are the steps do we need to do before g_membed. It is given that box size should be taken from the membrane strucuture file but i don t know how and where to mention the size?<br>Whether any tutorial is available for transmembrane protein using g_membed tool?<br><br>Thank you<br><br>Mohanalakshmi N.<o:p></o:p></p></td></tr></table></div></blockquote></td></tr></table><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p></div></div></body></html>