Dear List<div><br></div><div>I was looking at the charged groups in a charmm nucleotide, and could see several groups containing 4 to 14 atoms with integer charges. However, the default topology does not have these charged groups. each atom is given a charged group in the default topology. Can we foresee any problems in replacing the default charged groups generated by pdb2gmx by custom-made charged groups of integer values ? Along the same lines, will this lead to a significant increase in performance, besides the advantage of transferability ? </div>
<div><br></div><div>Thanking you in advance</div><div><br></div><div>Maria</div><div><br></div><div><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>
</div>