<font color='black' size='2' face='arial'><br>
when i type this order :szrun 2 2 mdrun_mpi -nice 0 -v -s pr.tpr -o pr.trr -c b4md.pdb -g pr.log -e pr.edr &amp;&nbsp;
<div>the process can not run,and there is a problem that&nbsp;t&nbsp;=&nbsp;0.000 &nbsp;ps:&nbsp;Water&nbsp;molecule&nbsp;starting&nbsp;at&nbsp;atom&nbsp;90777&nbsp;can&nbsp;not&nbsp;be&nbsp;settled.</div>
Check&nbsp;for&nbsp;bad&nbsp;contacts&nbsp;and/or&nbsp;reduce&nbsp;the&nbsp;timestep.Wrote&nbsp;pdb&nbsp;files&nbsp;with&nbsp;previous&nbsp;and&nbsp;current&nbsp;coordinates.&nbsp;
<div>i have made the dt =0.001and nsteps=10000 in the em.mdp ,but the order (szrun 2 2 mdrun_mpi -nice 0 -v -s pr.tpr -o pr.trr -c b4md.pdb -g pr.log -e pr.edr &amp; ) still can not run .how to slove this problem ?</div>
</font>