<div>Hello,<br><br>Thanks a lot for the suggestion.<br><br>I think I made some
progress but I am not there yet.<br><br>I added the following in the ions.itp
file<br><br>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;
nrexcl<br>OH&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>[ atoms ]<br>; id&nbsp; at type&nbsp;
res nr&nbsp;&nbsp; residu name at name&nbsp; cg nr charge<br>1&nbsp; OH 1&nbsp;
OH&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp; 1&nbsp; 0<br>1&nbsp; OW 1&nbsp;
OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1 -1<br><br><br>Still I ran into the same error
that it could not find moleculetype OH.<br><br>Than I specifically added the
following to the .top file<br><br>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;
nrexcl<br>OH&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>[atoms]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-1.21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99994&nbsp;&nbsp; ;<br>[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;
OW&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_38<br><br>This helped. <br>However,
there is new error I am running into which says: <br>Fatal error: number of
coordinates in coordinate file (5his8_meohi_wat.gro, 12487) does not match
topology (topol.top, 12519)<br><br>I am trying to add 8 hydroxide ions in my
methanol-water system.<br><br>The confusion I have is: <br>The .gro file has OH
but is gromacs really accounting OH as 2 atoms?&nbsp; <br>Also, the difference
(12519-12487) is greater than 8. <br><br>Kindly
help.<br><br>Thanks,<br>Shivangi<br><br><br><br>Shivangi Nangia<br>Garrison
Group<br>Graduate Student<br>201A Chemistry Building<br>University Park PA
16802<br><br>On 22/03/2011 7:44 AM, SHIVANGI NANGIA wrote:<br>&gt;
Hello,<br>&gt; <br>&gt;
 I am new gromacs user.<br>&gt; I am trying to set up a water-methanol 
system with few hyrdroxide ions.<br>&gt; <br>&gt; Since hyrdroxide ion 
does not already exist in gromacs database, I defined the following in 
the .rtp file ( I am using ffG53a6)<br>&gt; <br>&gt; [ OH ]<br>&gt;&nbsp; [ 
atoms ]<br>&gt;&nbsp; &nbsp; OW&nbsp; &nbsp; OW&nbsp; &nbsp; -1.41000&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;0<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;HW1&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.41000&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;0<br>&gt;&nbsp; [ bonds
]<br>&gt;&nbsp; &nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;HW1&nbsp; &nbsp; gb_38<br>&gt;&nbsp;
 [ angles ]<br>&gt; ;&nbsp; ai&nbsp; &nbsp; aj&nbsp; &nbsp;
ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;gromos typpe<br>&gt;&nbsp; [ 
impropers ]<br>&gt; ;&nbsp; ai&nbsp; &nbsp; aj&nbsp; &nbsp; ak&nbsp; &nbsp;
al&nbsp;&nbsp;&nbsp;gromos type<br>&gt;&nbsp; [ 
dihedrals ]<br>&gt; ;&nbsp; ai&nbsp; &nbsp; aj&nbsp; &nbsp; ak&nbsp; &nbsp;
al&nbsp;&nbsp;&nbsp;gromos type<br><br>That's 
only useful for pdb2gmx when generating .top files.<br><br>&gt; I also 
included OH in the .atp file ( I realise that hydroxide ion is NOT an 
atom, its a diatomic anion, I was just trying!)<br><br>Don't. The .atp 
defines *atom* types.<br><br>&gt; I ran into the error: No such 
moleculetype OH<br>&gt; <br>&gt; I further included information in the 
ions.itp as follows:<br>&gt; <br>&gt; [ moleculetype ]<br>&gt; ; 
molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;nrexcl<br>&gt; OH&nbsp; &nbsp; 1<br>&gt; <br>&gt; [
atoms ]<br>&gt; ; 
id&nbsp; at type&nbsp; res nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;residu name at name&nbsp; cg nr
charge<br>&gt; 1&nbsp; OH 1&nbsp;
 OH&nbsp; &nbsp; OH&nbsp; 1 -1<br><br>Use two atoms, like you did for your .rtp
entry.<br><br>&gt;
 The genion adds the "OH"&nbsp; in the .gro file and also the topol.top but 
when I try to minimize the system using<br>&gt; grompp -f minim.mdp -c 
5his8_meohi_wat.gro -p topol.top -o em.tpr<br>&gt; I am still running 
into the same error, No such moleculetype OH.<br><br>Your .top still 
does not have a functional [ moleculetype ] OH. You're probably not 
using the #include "ions.itp"&nbsp; mechanism
correctly.<br><br>Mark<br><br></div>