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<P>Dear Justin<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I download the script "plot_hbmap.pl" and input "perl $0 -s b4md.pdb -map hbmap.xpm -index hbond.ndx\n",</P>
<P>but the output info is "Unrecognized switch: -bash&nbsp; (-h will show valid options).";</P>
<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; then,I input "perl\n plot_hbmap.pl -s b4md.pdb -map hbmap.xpm -index hbond.ndx\n",and the output info is nothing?</P>
<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; So, could you tell me the correct usage? Very thanks!</P>
<P>There are protein and sol in b4md.pdb file.The hbond.ndx file only contain the [ hbonds_Protein ] section:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 603<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 619<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 634<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 635<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1299<BR>&nbsp;&nbsp; 1942&nbsp;&nbsp; 1943&nbsp;&nbsp; 1917<BR>&nbsp;&nbsp; 1937&nbsp;&nbsp; 1939&nbsp;&nbsp;&nbsp; 113<BR>&nbsp;&nbsp; 1937&nbsp;&nbsp; 1939&nbsp;&nbsp;&nbsp; 114</P>
<P>-------------------------------------</P>
<P>&nbsp;xiaodu</P>
<P><BR><BR><BR><SPAN title="neteasefooter"><SPAN id="netease_mail_footer"></SPAN></SPAN>&nbsp;</P><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>