Thanks Mark for the hints. I am using a pre equilibrated box for both runs. Can you again explain how Can I interpret this from fluctuations from two runs? Below is the resutls from two versions: Thanks!<br><br>4.0.7<br><br>
Statistics over 733801 steps [ 0.0000 thru 1467.6001 ps ], 1 data sets<br>All averages are exact over 733801 steps<br><br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>
#Surf*SurfTen               203.778    3623.99    3623.98 -0.00203751   -2.99026<br><br><br>Statistics over 483401 steps [ 500.0000 thru 1466.8000 ps ], 1 data sets<br>All averages are exact over 483401 steps<br><br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>
-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               203.129    3612.58    3612.28   0.168686    163.086<br>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
4.5.3<br><br><br><br>Statistics over 732501 steps [ 1.0000 through 1466.0000 ps ], 1 data sets<br>All statistics are over 73251 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>
#Surf*SurfTen               2374.49        570    21081.3   -3251.38  (bar nm)<br><br>Statistics over 384501 steps [ 1000.0000 through 1769.0000 ps ], 1 data sets<br>All statistics are over 38451 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>
-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               2610.25       1000    21109.9    4638.38  (bar nm)<br><br>Statistics over 483001 steps [ 500.0000 through 1466.0000 ps ], 1 data sets<br>

All statistics are over 48301 points<br>
<br>
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>
-------------------------------------------------------------------------------<br>
#Surf*SurfTen               1645.07        390    20288.3   -174.289  (bar nm)<br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On 22 March 2011 23:56, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br><br><span>On 23/03/11, <b>Elisabeth </b> &lt;<a href="mailto:katesedate@gmail.com" target="_blank">katesedate@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite">
<div><br><br><div class="gmail_quote">On 22 March 2011 22:46, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<br>
<br>
Elisabeth wrote:<div><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
On 22 March 2011 22:31, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
    Elisabeth wrote:<br>
<br>
        Hello,<br>
         I did two simulations on the same system using versions 4.0.7<br>
        and 4.5.3. It seems like the unit of surface tension is not the<br>
        same in these versions because I am getting ~250 KJ/mol an in<br>
        4.0.7 and ~ 5000bar nm in 4.5.3?! How KJ/mol can be converted<br>
        into bar nm? Can anyone help please.<br>
<br>
<br>
    Is this from g_energy output?  In past versions, everything was<br>
    printed as &quot;kJ/mol,&quot; even quantities that obviously weren&#39;t, like<br>
    temperature, pressure, etc.<br>
<br>
<br>
Yes, so why are the results so different. I am using exactly the same mdp file.! <br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Any pressure-related quantity is going to be subject to enormous fluctuations. This has been discussed within the last few days.  Without seeing the .mdp file and a description of the system, it&#39;s hard for anyone to comment on what the results might mean.<br>

</blockquote><div><br>Thanks. I am working on a pure alkane system, in a box of 3X3X3 which is extended in Z to create liq/air interface. That is 3X3X6 . What could be reason for such a big difference in results from two version? Thanks alot!   </div>
</div></div></blockquote><br></div>Look at the size of the fluctuations printed by g_energy. If they&#39;re comparable or larger than your differences, then you are not observing a statistically significant difference. Over just 2ns of a small system, that&#39;s likely to be the case. Damping such fluctuations requires large simulations or long times or both.<br>
<br>You are also generating velocities at the start of this run, so probably you are including spurious measurements on non-equilibrated configurations in your statistics. If you&#39;d thought to tell us your command lines, I wouldn&#39;t be guessing :-) You can fix this with g_energy -b, but really you should separate your equilibration from your production run, even if you don&#39;t really need to, so that all your workflows have similar properties. Then when you come back to repeat some analysis in a month&#39;s time, you don&#39;t have to remember to ignore the first 1ns of this simulation...<br>
<font color="#888888"><br>Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><blockquote style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div><div class="gmail_quote"><div>
integrator          =  md                     <br>dt                  =  0.002                 <br>nsteps              =  1000000 <br>            <br>nstenergy           =  100                  <br>
nstxout             =  100                <br>nstlist             =  10                <br>ns_type             =  grid                <br>coulombtype         =  PME                     <br>vdw-type            =  Shift              <br>

rcoulomb-switch     =  0                    <br>rvdw-switch         =  0             <br>rlist               =  1.1                <br>rcoulomb            =  1.1             <br>rvdw                =  1.0                <br>

<br>fourierspacing      =  0.12                 <br>fourier_nx          =  0<br>fourier_ny          =  0<br>fourier_nz          =  0<br>pme_order          =  4                  <br>ewald_rtol          =  1e-5<br>;optimize_fft      =  yes<br>

  <br>Tcoupl              =  v-rescale                <br>tc-grps             =  System       <br>tau_t               =  0.1        <br>ref_t               =  300                 <br>      <br>pbc              =  xyz       <br>

           <br>gen_vel             =  yes                <br>gen_temp            =  300.0                <br>gen_seed            =  173529                <br><br>constraints             = all-bonds           <br>constraint-algorithm = lincs<br>

 </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div><br></div><div><br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></blockquote>
</div></div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>