Hi all,<br><br>Thank you for the reply. The answer I got for the second question about table-extension, I understand and agree with that. <br><br>Regarding my first question I asked, I did not get any error with grompp even when I tried rlist=rvdw=2.0 and rcoulomb=0. For this I used the no cut-off conditions which I have mentioned below in my previous e-mail. I am using Gromacs-4.0.7.  Any further suggestions or comments will be very helpful.<br>
<br>Thank you,<br><br>-Swarnendu<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 24, 2011 at 12:17 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">On 24/03/2011 1:34 PM, Itamar Kass wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi Swarnendu,<br>
<br>
grompp will return errer unless rlist=rcoulomb=rvdw=0, so you should stick to it.<br>
<br>
Cheers,<br>
Itamar<br>
<br>
On 24/03/11 1:13 PM, Swarnendu Tripathi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hello everybody,<br>
<br>
I want to use the no cut-off option in gromacs for the electrostatic interactions. In manual it says for this I need to define: pbc=no; nstlist=0; ns-type=simple and rlist=rcoulomb=rvdw=0 in the .mdp file.<br>
<br>
My questions are:<br>
<br>
1. If I choose rcoulomb=0 and rlist=rvdw=2.0 is that a problem? Do you always recommend to use rlist=rcoulomb=rvdw=0 for no cut-off option?<br>
<br>
2. How  should I choose the table-extension parameter now? Before, with pbc=xyz (with cut-off) I used table-extension=rvdw+1/2*length of the longest diagonal of the box (approximately). I am also using a tabulated potential.<br>

</blockquote></blockquote>
<br></div>
Since there is effectively no box once pbc=no, your tables need only be as long as the longest possible interaction, plus some margin for when the structure rearranges.<br><font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>