Hi Muhammad,<br><br>It&#39;s &#39;just&#39; a fit/proportionality parameter relating the viscosity for a k-vector to the length of the vector and the viscosity proper (eta0). From the equation you can work out that the unit is nm^-2.<br>
<br>Hope it helps,<br><br>Tsjerk<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 24, 2011 at 10:27 AM, Alif M Latif <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:prism_dead@yahoo.com">prism_dead@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt; color: rgb(51, 51, 51);"><table width="100%" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td height="100%" valign="top" width="100%" bgcolor="#ffffff">
<table style="table-layout: fixed;" height="100%" width="100%" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td valign="bottom" width="140" align="left"><img src="" alt="" height="94" width="120" border="0"></td>
<td style="overflow: hidden; white-space: nowrap;" valign="top"><table style="white-space: normal;" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td height="30"> </td></tr><tr><td><font style="font-family: times new roman,new york,times,serif; color: rgb(51, 51, 51);" face="times new roman, new york, times, serif" size="2" color="#333333"><div style="">
Dear gromacs users and developers,<br><br>I have 1 question about the calculation of viscosity using g_tcaf. I got the visc_k.xvg file. According to Berk Hess&#39;s report, the k values should be extrapolated to k=0 to obtain the viscosity. The question is (and I&#39;m sorry if this is a silly question), what is &quot;a&quot; in : eta(k) = eta 0 (1-ak^2) ?..can someone help? I couldn&#39;t find (or missed) it in the paper.<br>
<br>Thank You in advance,<br><div> </div>MUHAMMAD ALIF MOHAMMAD LATIF<br>Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry<br>Department of Chemistry<br>Faculty of Science<br>Universiti Putra Malaysia<br>43400 UPM Serdang, Selangor<br>
MALAYSIA<div><br></div>
</div></font></td></tr><tr><td height="10"> </td></tr></tbody></table></td><td width="30"> </td></tr></tbody></table></td></tr><tr><td height="120" bgcolor="#ffffff"><table align="left" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr>
<td height="120" width="310"><img src="" width="310"></td><td width="*" align="right"> </td></tr></tbody></table></td></tr></tbody></table></div><br>







      </div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>* Zernike Institute for Advanced Materials<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br>