Dear all,<br><br>I performed surface tension calculations vs. different system size (NVT, mdp file is included at the end). The reported surface tension for hydrocarbon I am studying is 18 mN/m at 20C. I am getting ~ 175 bar nm from g_energy which means surface tension of  around 9 mN/m. For box size 3 3 6 nm I get 202 bar nm which is 10 mN/m and is closer to the reported one. <br>
<br>0-Are my results reasonable? Is it possible to get closer to the actual surf. ten? or the current difference can not be improved by molecular dynamics?<br>
<br>1- I am just wondering how I can decide on the system size given runs performed (shown below). Which system I can stick to? <br><br>2- Can I conclude that surface tension I am getting is equilibrated one?  RMSD is much larger than average!!<br>
<br>
There are 125 molecules in a 3 3 3 nm box initially. <b>F</b>or 6 6 ? runs: 3 3 3 was replicated in X and Y. (that is 4*125 molecules)<br><br><b>box size 6 6 18 nm (molecules fill up volume of 6 6 3 and Z direction is increased to 18 so total size is 6 6 18)<br>
</b>
<br>Statistics over 898601 steps [ <b>0.0000 through 1797.2001 ps ]</b>, 1 data sets<br>All statistics are over 898601 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>

#Surf*SurfTen                175.32        2.9    1813.06     -17.41  (kJ/mol)<br><br><br>Statistics over 818001 steps [ <b>0.0000 through 1636.0001 ps</b> ], 1 data sets<br>All statistics are over 818001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               175.482        4.9    1814.64   -19.6398  (kJ/mol)<br><br>Statistics over 569501 steps [ <b>500.0000 through 1639.0001 ps</b> ], 1 data sets<br>

All statistics are over 569501 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               175.459          5    1815.85   -31.5002  (kJ/mol)<br>

<br>Statistics over 321001 steps [<b> 1000.0001 through 1642.0001 ps ]</b>, 1 data sets<br>All statistics are over 321001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>

#Surf*SurfTen               168.128        3.9    1812.23   -12.0096  (kJ/mol)<br>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<b>box size 6 6 8 nm. (molecules fill up volume of 6 6 3 and Z direction is increased to 8 so total size is 6 6 8)<br><br></b>Statistics over 1000001 steps [<b> 0.0000 through 2000.0001 ps </b>], 1 data sets<br>All statistics are over 1000001 points<br>

<br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               177.274        3.9    1819.27  -0.465725  (kJ/mol)<b><br>

</b><br>Statistics over 750001 steps <b>[ 500.0000 through 2000.0001 ps ],</b> 1 data sets<br>All statistics are over 750001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>

#Surf*SurfTen               176.247        3.7    1817.88    12.2119  (kJ/mol)<br><b><br></b>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<b>box size 6 6 6 nm. (molecules fill up volume of 6 6 3 and Z direction is increased to 6 so total size is 6 6 6)<br><br></b>Statistics over 532601 steps [ 0.0000 through 1065.2001 ps ], 1 data sets<br>All statistics are over 532601 points<br>

<br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               175.137        2.2    1816.63   -2.51592  (kJ/mol)<br>

<br>Statistics over 282601 steps [ <b>500.0000 through 1065.2001 ps</b> ], 1 data sets<br>All statistics are over 282601 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>

#Surf*SurfTen               178.413        7.6    1815.25   -21.8612  (kJ/mol)<br><br>-------------------------------------------------------------------------------------------------<br><b>box size 3 3 9 nm. (molecules fill up volume of 3 3 3 and Z direction is increased to 9 so total size is 3 3 9)</b><br>
<br>Statistics over 1000001 steps [ 0.0000 through 2000.0001 ps ], 1 data sets<br>All statistics are over 1000001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>
#Surf*SurfTen               180.985        8.2    3621.55    18.4731  (kJ/mol)<br><br>Statistics over 750001 steps [ 500.0000 through 2000.0001 ps ], 1 data sets<br>All statistics are over 750001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>
-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               186.314        4.6    3613.31   -15.9818  (kJ/mol)\<br><br>Statistics over 500001 steps [ 1000.0001 through 2000.0001 ps ], 1 data sets<br>
All statistics are over 500001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               181.459        5.5    3614.08    10.9469  (kJ/mol)<br>
<br>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br><b>box size 3 3 6 nm. (molecules fill up volume of 3 3 3 and Z direction is increased to 6 so total size is 3 3 6)</b><br>

<br>Statistics over 1000001 steps [ <b>0.0000 through 2000.0001 ps</b> ], 1 data sets<br>All statistics are over 1000001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>

#Surf*SurfTen                202.46        9.1    3619.78    17.2976  (kJ/mol)<br><br>Statistics over 750001 steps [ <b>500.0000 through 2000.0001 ps</b> ], 1 data sets<br>All statistics are over 750001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               201.403         12    3610.81    40.9167  (kJ/mol)<br><br><br>Statistics over 500001 steps [ <b>1000.0001 through 2000.0001 ps</b> ], 1 data sets<br>

All statistics are over 500001 points<br><br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>----------------------------------------------------------------------------<br>#Surf*SurfTen               212.306        7.7    3607.07   -30.9386  (kJ/mol)<br>

<br>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>3- This last trial gives surf ten of 10 mN/m which is closer tp experimental 18 mN/m, although system is 1/4 smaller in number of molecules than 6 6 ? runs! <br>
<br>4- Also I am attempting to obtain density profile across the box <b>6 6 8 nm.</b> ( 6 6 3 is filled up and from Z= 3 to 8 is the empty space). Why am I getting Segmentation fault?!<br>
<br>g_density -f *.trr -s *.tpr -o density.xvg<br><br>Selected 0: &#39;System&#39;<br>trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>Last frame      10000 time 2000.000   <br>Segmentation fault<br><br><br>
constraints             = all-bonds              <br>
constraint-algorithm = lincs<br>
pbc              =  xyz                  <br>                  <br>integrator          =  md                    <br>dt                  =  0.002                <br>nsteps              =  1000000<br>               <br><br>
nstenergy           =  100                 <br>nstxout             =  100                <br>   nstlist             =  10                <br>ns_type             =  grid                 <br><br>coulombtype         =  PME                      <br>
vdw-type            =  Shift               <br>rcoulomb-switch     =  0                   <br>rvdw-switch         =  0              <br>rlist               =  1.2                 <br>rcoulomb            =  1.2         <br>
rvdw                =  1.0                <br>fourierspacing      =  0.2                <br>fourier_nx          =  0<br>fourier_ny          =  0<br>fourier_nz          =  0<br>pme_order          =  4                  <br>
ewald_rtol         =  1e-5<br>optimize_fft      =  yes<br><br>ewald_geometry      =  3dc<br><br>Tcoupl              =  v-rescale                  <br>tc-grps             =  System                <br>tau_t               =  0.1                <br>
ref_t               =  300           <br>         <br>gen_vel             =  yes                 <br>gen_temp            =  300.0                <br>gen_seed            =  173529                 <br><br><br>Thank you !<br>
<br><br><br><br><br>